（1）文章主要想说明“相对于民企，国企存在生产效率和创新效率的双重损失，而且创新效率损失大于生产效率损失”。如果文章只想证明前一个结论“国企存在生产效率和创新效率的双重损失”，可以说在现在已经没有什么学术价值，后一结论“创新效率损失大于生产效率损失”能否从理论或者实证上得以完整阐述或者证明，是展现本文价值的关键。本文作者只是应用剩余索取权理论解释了“国企存在生产效率和创新效率的双重损失”，实际只是重复了前人的成果，而对文章的核心命题“创新效率损失大于生产效率损失”在理论上没有任何说明，实证中压根没有将“生产效率和创新效率”剥离开，从技术上说，两个变量还存在同时被内生决定的可能，而且一般而言，这两个变量之间存在有相互影响，作用关系可能还很强，具有这种关系的变量之间系数如何比较大小，这是一个大问题。

（2）就算能够剥离开，“生产效率和创新效率”能否直接比较大小，相当于有两个人，你说甲的身高比乙高20%，甲的体重比乙重25%，你能说明甲身高的优势不如体重的优势明显吗？还能计算出优势的差值是5%？实际上统计很可能是无差异的，当然这个问题是可以有技术来处理的，但小吴同学的文章中对此并没有涉及。

（3）数据时1998-2003，大家都知道一套好的数据难以拿到，但作为并未独立调查的非微观个体数据，是否有必要用10年前的数据，就算结论成立，对现今的国企改革意义何在？如果数据不全，何必为了发论文硬做计量研究？

（4）其他比如数据源的非微观性、变量设置的合适性，计量方程（省时序数据+29省虚拟变量+5年虚拟变量）设定的恰当性，变量之间的自相关性，都没有看到小吴同学文中的令人信服的解释说明。有匿名网友补充说“文中表2在检验两类企业专利申请量/研发人员数时，1998年国企为0.64，民企为3.14，差异极大，但F检验P值尽然高达0.61（注：此处似笔误，原文中为0.34），而其他年份相差不大P值却高度显著（注：<=0.01），那1998年的时候二者的标准差得相差多大啊（注：表2中其他数据中情况类似）！我并不怀疑作者造假，但这说明不同年份的样本事实上是存在很大区别的，这可能会影响结果的可信性”；夸克之一提出“他解释说企业数据没有企业创新效率的信息，我觉得也不是很有说服力。第一，没有人强迫你去做创新效率；第二，用省级数据做出来的也不是创新效率。企业数据库虽然没有专利数量，但有R&D的投入，这在文献中也被接受可以衡量企业的创新产出”