| 所在主题: | |
| 文件名: Calculating measures of biological interaction using R.pdf | |
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R软件 做交互作用分析 代码是从文献上弄的,可是运行到最后没有提示错误,可是结果在哪呢 没有结果 还是没输出出来....结果应该是交互作用的三个指标吧??
菜鸟一个 就会复制粘贴,代码如下 求高手 test<-read.table (file="C:/test2.dat",header=T,fill=TRUE) name(test) confounders<-cbind(test$dummyag1,test$dummyag2,test$dummyag3) test$A<-test$ASE test$B<-test$APTPN22 test$case<-test$KIND interaction<-function(inter,case,A,B,confounders){ inter$A0B0[inter$A==0 & inter$B==0]<-1 inter$A0B0[inter$A==1 & inter$B==0 | inter$A==0 & inter$B==1 | inter$A==1 & inter$B==1]<-0 inter$A1B0[inter$A==1 & inter$B==0]<-1 inter$A1B0[inter$A==0 & inter$B==0 | inter$A==0 & inter$B==1 | inter$A==1 & inter$B==1]<-0 inter$A0B1[inter$A==0 & inter$B==1]<-1 inter$A0B1[inter$A==1 & inter$B==0 | inter$A==0 & inter$B==0 | inter$A==1 & inter$B==1]<-0 inter$A1B1[inter$A==1 & inter$B==1]<-1 inter$A1B1[inter$A==1 & inter$B==0 | inter$A==0 & inter$B==1 | inter$A==0 & inter$B==0]<-0 glmdata<-cbind("A1B1"=inter$A1B1,"A1B0"=inter$A1B0,"A0B1"=inter$A0B1,"A0B0"=inter$A0B0, as.data.frame(confounders,row.names=NULL,optional=TRUE)) interaction.Iglm<-glm(case~.,family=binomial(link="logit"), data=glmdata) mod<-summary(interaction.Iglm) cor<-vcor(interaction.Iglm) A1B1var<-cor[2,2] A1B0var<-cor[3,3] A0B1var<-cor[4,4] cov23<-cor[4,3] cov13<-cor[4,2] cov12<-cor[3,2] x<-summary(interaction.Iglm)$coefficients OR<-round(exp(c(x[,1])),digits=3) OR.LowLi<-round(exp(c(x[,1]-1.96*x[,2])),digits=3) OR.UppLi<-round(exp(c(x[,1]+1.96*x[,2])),digits=3) outf<-data.frame(OR,OR.LowLi,OR.UppLi) out<-data.matrix(outf) ORii<-out[2,1] ORio<-out[3,1] ORoi<-out[4,1] ORoo<-1.0 ORg<-c(ORoo,ORio,ORoi,ORii) ORn<-c("OR_A0B0","OR_A1B0","OR_A0B1","OR_A1B1") RERI<-round(out[2,1]-out[4,1]-out[3,1]+1,digit=3) hr1<-(-out[3,1]) hr2<-(-out[4,1]) hr3<--out[2,1] SeRERI<-sqrt(hr1**2*A1B0var+hr2**2*A0B1var+hr3**2*A1B1var+2*hr1*hr2*cov23+2*hr1*hr3*cov12+2*hr3*hr2*cov12) RERI.95Low<-round(RERI-1.96*SeRERI,digits=3) RERI.95High<-round(RERI+1.96*SeRERI,digits=3) ha1<-(-(ORio/ORii)) ha2<-(-(ORoi/ORii)) ha3<-(out[3,1]+out[4,1]-1)/out[2,1] SeAP<-sqrt(ha1**2*A1B0var+ha2**2*A0B1var+ha3**2*A1B1var+2*ha1*ha2*cov23+2*ha1*ha3*cov12+2*ha3*ha2*cov12) AP<-round(RERI/ORii,digits=3) AP.95Low<-round(AP-1.96*SeAP,digits=3) AP.95High<-round(AP+1.96*SeAP,digits=3) SI<-round((out[2,1]-1)/(out[4,1]+out[3,1]-2),digits=3) hs1<-(-out[3,1]/(out[3,1]+out[4,1]-2)) hs2<-(-out[4,1]/(out[3,1]+out[4,1]-2)) hs3<-(-out[2,1]/(out[2,1]-1)) SeSI<-sqrt(hs1**2*A1B0var+hs2**2*A0B1var+hs3**2*A1B1var+2*hs1*hs2*cov23+2*hs1*hs3*cov12+2*hs3*hs2*cov12) SI.95Low<-round(SI-1.96*SeSI,digits=3) SI.95High<-round(SI+1.96*SeSI,digits=3) IM<-data.frame(RERI,RERI.95Low,RERI.95High,AP,AP.95Low,AP.95High) SyI<-data.frame(SI,SI.95Low,SI.95.High) ILST<-list(barplot((ORg),names.arg=(ORn)),mod,out,SyI,IM) return(ILST) } |
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