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文件名:  dat.rank.1.txt
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将数据随机分为建模组与验证组,为了获得比较好的建模效果,进行1000次随机分组,种子值分别为1:1000,循环1000次,在迭代到i=140报错,循环跳出,第140行及以后没有数值。特向朋友们请教:
1.我想忽略某一次迭代错误,不要跳出循环,继续下一次循环迭代,如何实现?
2.如何将大括号内的部分代码封装成函数,例如:C_index.test <- function(seed=i) {set.seed(i) 其余略},最后用for (i in 139:141) C_index.test ()的形式调用该函数?我前面尝试过,没有成功。
多谢朋友们!
  1. library(rms)

  2. dat.rank.1 <- read.table('dat.rank.1.txt', sep='\t', header=T)
  3. units(dat.rank.1$OS) <- "Month"

  4. C_index.results1000 <- matrix(nrow = 145, ncol = 4)


  5. # 迭代到i=140报错,循环跳出,第140行及以后没有数值
  6. for (i in 139:141) {
  7. set.seed(i)
  8. ID_mod <- sample(1:nrow(dat.rank.1), nrow(dat.rank.1)*2/3)
  9. dat.model <- dat.rank.1[ID_mod, ]
  10. dat.model$mod <- 'Training'

  11. dat.validate <- dat.rank.1[-ID_mod, ]
  12. dat.validate$mod <- 'Validation'


  13. ddist <- datadist(dat.model)
  14. options(datadist = "ddist")


  15. f <- cph(Surv(OS, Event) ~ miR.index+T+M, x=T, y=T, surv=T, data=dat.model, time.inc=36)
  16. validate(f, method="boot", B=1000, dxy=T)
  17. rcorrcens(Surv(OS, Event) ~ predict(f), data = dat.model)
  18. C_index <- 1-rcorrcens(Surv(OS, Event) ~ predict(f), data = dat.model)[1]


  19. fev <- cph(Surv(OS, Event) ~ predict(f, newdata=dat.validate), x=T, y=T, surv=T, data=dat.validate, time.inc=36)
  20. validate(fev, method="boot", B=1000, dxy=T)
  21. rcorrcens(Surv(OS, Event) ~ predict(f, newdata=dat.validate), data = dat.validate)
  22. C_index2 <- 1-rcorrcens(Surv(OS, Event) ~ predict(f, newdata=dat.validate), data = dat.validate)[1]

  23. C_index.results1000[i, ] <- c(i, C_index, C_index2, C_index+C_index2)
  24. }

  25. View(C_index.results1000)# 第141行有数值说明后续迭代成功了
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