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申报科研项目，申请书的质量至关重要，因为它是项目立项与否的根本保证。医刊汇编译指出，在科研项目申请书写作中，论证是非常重要的部分，主要说明了以下几个方面内容：一是为什么要做，即立项依据是什么；二是要做什么，即研究目标、研究内容以及拟解决的关键问题是什么；三是怎么做，即采用何种研究方法、技术路线、实验手段和关键技术等；四是凭什么做，即有怎样的研究基础、工作条件以及项目组成员、经费预算等。
一、立项依据。立项依据就是国内外研究现状述评，可归纳分析为谁在做、做什么、做得怎样、谁做得好或不足是什么，以及打算怎么做才能更好。有些申请项目的立论依据不充分，表现在以下几个方面：一是未能全面了解国内外本领域的研究现状，分析不准确；二是立论的逻辑推理依赖于推测或某种未被证实的现象，无法让人确信选题的科学性；三是未充分论述项目的可行性，研究内容庞杂且相互关系论述不清；四是研究目标阐述不明确。
此部分要有充分、全面、准确的资料作依据，必要时进行科技查新，了解国内外的研究动态，并对国内外研究现状进行深入、透彻的分析，详细阐述问题提出的条件、切入点、背景以及解决问题的迫切性和可行性，条理性和逻辑性要强。在科研项目申请书中，立论通常需要阐明：本领域的国内外研究状况，存在的主要瓶颈问题；拟解决的主要科学问题；解决关键科学问题的方法、技术以及手段的发展；解决关键科学问题的科学或社会意义、对学科发展的推动作用；申请者进行研究的优势和前期基础。
二、研究内容、目标。研究内容没有什么既定的标准，在研究内容部分贵在说清楚要做什么，但往往一个有意义的选题可做的内容很多，此时就需要从中进行提炼出最关键、最核心的问题作为研究内容的中心，充分考虑研究时间、经费资助力度等因素，突出重点，并紧紧围绕研究目标与所列关键问题进行阐述和问题设计。
有一个好的选题是前提，有明确的研究内容才是一个好项目的根本保证。研究目标就是通过研究达到的预期结果，故在研究内容适度的前提下，需要剖析说明，预期在研究中有何内在科学问题得以解决，解决之后，将在理论上、技术上、方法上有何预期效果，预期结果有何科学价值或对经济和社会发展有何作用。
三、技术路线、研究方法。明确了做什么，就要确定怎么做，这就是所谓的研究方法和技术路线。能否回答好这一问题，很大程度上决定该项目是否有立项的价值。研究方法就是实施项目的方法，包括理论分析、实验方法、工作步骤等一整套计划安排，要周密、完善、科学、可行。
技术路线是进行研究所采取的技术措施，要尽量采用现代的、先进的、可行的技术，这样才能使评审专家对申请者完成项目的能力产生信任。需强调的是虽然鼓励研究方法创新，但根本原则在于实用，不是将新方法进行罗列，罗列再多的新方法也不是创新，关键在于科学、合理获得实效。
四、研究基础。研究基础指与项目研究有关的工作积累，包括已有的相关成果、具备的研究条件和研究队伍。此部分可列出相关的科研项目、已出版或发表的著作和论文等，若是题目很新或原创研究等暂无已有成果时，亦可列出其他成果，关键在于考察研究人员的科研能力和内在潜力。需注意的是，研究队伍要稳定、结构合理、人员精干。
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