楼主: kedemingshi
1922 63

[量化金融] *癌症特征的K-均值和聚类模型 [推广有奖]

51
能者818 在职认证  发表于 2022-5-31 05:28:40
《自然评论遗传学》15(9):585-598。Imielinski,M.、Berger,A.H.、Hammerman,P.S.、Hernandez,B.、Pugh,T.J.、Hodis,E.、Cho,J.、Suh,J.、Capelletti,M.、Sivachenko,A.、Sougnez,C.、Auclair,D.、Lawrence,M.S.、Stojanov,P.、Cibulskis,K.、Choi,K.、de Waal,L.、Sharifnia,T.、Brooks,A.、Greulich,H.、Banerji,S.、Zander,T.、Seidel,D.、Leenders,F.、Ans,S.、Ludans Wig,C.、Engel Riedel,W.、Stoelben,E.、Wolf,J.、Goparju,C。,Thompson,K.、Winckler,W.、Kwiatkowski,D.、Johnson,B.E.、J¨anne,P.A.、Miller,V.A.、Pao,W.、Travis,W.D.、Pass,H.I.、Gabriel,S.B.、Lander,E.S.、Thomas,R.K.、Garraway,L.A.、Getz,G.、Meyerson,M。

52
mingdashike22 在职认证  发表于 2022-5-31 05:28:43
(2012)利用大规模平行测序绘制肺腺癌的特征图。单元格150(6):1107-1120。Jones,D.T.、J¨ager,N.、Kool,M.、Zichner,T.、Hutter,B.、Sultan,M.、Cho,Y.J.、Pugh,T.J.、Hovestadt,V.、St¨utz,A.M.、Rausch,T.、Warnatz,H.J.、Ryzhova,M.、Bender,S.、Sturm,D.、Pleier,S.、Cin,H.、Pfa fff,E.、Sieber,L.、Wittmann,A.、Remke,M.、Witt,H.、Hutter,S.、Tzaridis,T.、Weischenfeldt,J,Raeder,B.,Avci,M.,Amstislavskiy,V.,Zapatka,M.,Weber,U.D.,Wang,Q.,Lasitschka,B、 ,Bartholomae,C.C.、Schmidt,M.、von Kalle,C.、Ast,V.、Lawerenz,C.、Eils,J.、Kabbe,R.、Benes,V.、van Sluis,P.、Koster,J.、Volckmann,R.、Shih,D.、Betts,M.J.、Russell,R.B.、Coco,S.、Tonini,G.P.、Sch¨uller,U.、Hans,V.、Graf,N.、Kim,Y.J.、Monoranu,C.、Roggendorf,W.、Unterberg,A.、Herold Mende,C.、Mild,T.、Ku Lozik,A.E.、von Deimling,A.、Witt,O.、Maass,E.、R¨ossler,J。,Ebinger,M.、Schuhmann,M.U.、Fr–uhwald,M.C.、Hasselblatt,M.、Jabado,N.、Rutkowski,S.、von Bueren,A.O.、Williamson,D.、Clifford,S.C.、McCabe,M.G.、Collins,V.P.、Wolf,S.、Wiemann,S.、Lehrach,H.、Brors,B.、Scheurlen,W.、Felsberg,J.、Reifenberger,G.、Northcott,P.A.、Taylor,M.D.、Meyerson,M.、Pomeroy,S.L.、Yaspo M.L.、Korbel、J.O.、Korshunov、A.、Eils、R.、P fister、S.M.、Lichter、,P.(2012)剖析髓母细胞瘤的基因组复杂性。《自然》488(7409):100-105。Kakushadze,Z.和Yu,W.(2016a)多因素风险模型和异质性CAPM。《投资策略杂志》5(4):1-49。在线提供:http://ssrn.com/abstract=2722093.Kakushadze,Z.和Yu,W.(2016b)癌症特征的因子模型。Physica A 462:527-559。在线提供:http://ssrn.com/abstract=2772458.Kakushadze,Z.和Yu,W.(2016c)统计行业分类。风险与控制杂志3(1):17-65。在线提供:http://ssrn.com/abstract=2802753.KakushadzeZ.和Yu,W。

53
能者818 在职认证  发表于 2022-5-31 05:28:47
(2017a)如何组合十亿个字母。资产管理日志18(1):64-80。在线提供:http://ssrn.com/abstract=2739219.Kakushadze,Z.和Yu,W.(2017b)统计风险模型。《投资策略杂志》6(2):1-40。在线提供:http://ssrn.com/abstract=2732453.Kashuba,V.I.,巴甫洛娃,T.V.,格里戈里耶娃,E.V.,库琴科,A.,叶纳曼德拉,S.P.,李,J.,王,F.,普罗托波夫,A.I.,扎巴罗夫斯卡,V.I.,森琴科,V.,哈拉尔德森,K.,埃什琴科,T.,科布利亚科娃,J.,沃龙佐娃,O.,库兹敏,I.,布拉加,E.,布利诺夫,V.M.,基塞列夫,L.L.,曾,Y.-X.,恩伯格,I.,勒曼,M.I.,克莱因,G.和扎巴罗夫斯卡Y,E.R.(2009)癌症中肿瘤抑制基因rassf1和RBSP3(CTDSPL)的高度易变性。PloS One 4(5):e5231。Lawrence,M.S.、Stojanov,P.、Polak,P.、Kryukov,G.V.、Cibulskis,K.、Sivachenko,A.、Carter,S.L.、Stewart,C.、Mermel,C.H.、Roberts,S.A.、Kiezun,A.、Hammerman,P.S.、McKenna,A.、Driwer,Y.、Zou,L.、Ramos,A.H.、Pugh,T.J.、Stransky,N.、Helman,E.、Kim,J.、Sougnez,C.、Ambrogio,L.、Nickerson,E.、She fler,E.、Cort\'S es,M.L.、Auclair,D.、Saksena,G.、Voet,D.、Noble,M.、DiCara,D.、Lin,P。,Lichtenstein,L.、Heiman,D.I.、Fennell,T.、Imielinski,M.、Hernandez,B.、Hodis,E.、Baca,S.、Dulak,A.M.、Lohr,J.、Landau,D.A.、Wu,C.J.、Melendez Zajgla,J.、Hidalgo Miranda,A.、Koren,A.、McCarroll,S.A.、Mora,J.、Lee,R.S.、Crompton,B.、Onofrio,R.、Parkin,M.、Winckler,W.、Ardlie,K.、Gabriel,S.B.、Roberts C.W,Biegel,J.A.,Stegmaier,K.,Bass,A.J.,Garraway,L.A.,Meyerson,M。,Golub,T.R.、Gordenin,D.A.、Sunyaev,S.、Lander,E.S.、Getz,G.(2013)癌症的突变异质性和新癌症相关基因的研究。《自然》499(7457):214-208。Lee,D.D.和Seung,H.S.(1999)通过非负矩阵分解学习对象的部分。自然401(6755):788-791。林达尔,T。

54
nandehutu2022 在职认证  发表于 2022-5-31 05:28:50
(1993)DNA一级结构的不稳定性和衰变。《自然》362(6422):709-715。Llet'i,R,Ortiz,M.C.,Sarabia,L.A.和S'anchez,M.S.(2004)使用优化轮廓的遗传算法选择k均值聚类分析的变量。《智利分析学报》515(1):87-100。Lloyd,S.P.(1957)《PCM中的最小二乘量化》。工作文件。贝尔电话实验室,新泽西州默里山。Lloyd,S.P.(1982)《PCM中的最小二乘量化》。IEEE信息论交易28(2):129-137。Loeb,L.A.和Harris,C.C.(2008)《化学致癌作用的进展:历史回顾与展望》。癌症研究68(17):6863-6872。Long,J.、Delahanty,R.J.、Li,G.、Gao,Y.T.、Lu,W.、Cai,Q.、Xiang,Y.B.、Li,C.、Ji,B.T.、Zheng,Y.、Ali,S.、Shu,X.O.、Zheng,W.(2013)APOBEC3基因常见缺失与乳腺癌风险。国家癌症研究所杂志105(8):573-579。Love,C.、Sun,Z.、Jima,D.、Li,G.、Zhang,J.、Miles,R.、Richards,K.L.、Dunphy,C.H.、Choi,W.W.、Srivastava,G.、Lugar,P.L.、Rizzieri,D.A.、Lagoo,A.S.、Bernal Mizrachi,L.、Mann,K.P.、Flowers,C.R.、Naresh,K.N.、Evens,A.M.、Chadburn,A.、Gordon,L.I.、Czader,M.B.、Gill,J.I.、Hsi,E.D.、Greenough,A.,Mo ffitt,A.B.,McKinney,M.,Banerjee,A.,Grubor,V.,Levy,S.,Dunson,D.B.,Dave,S.S.(2012)《伯基特淋巴瘤突变的遗传景观》。《自然遗传学》44(12):1321-1325。MacQueen,J.B.(1967)多变量观测分类和分析的一些方法。摘自:LeCam,L.和Neyman,J.(编辑)《第五届伯克利数理统计和概率研讨会论文集》。加利福尼亚州伯克利:加利福尼亚大学出版社,第281-297页。Murtagh,F.和Contreras,P.(2011)《层次聚类算法:概述》。

55
可人4 在职认证  发表于 2022-5-31 05:28:54
威利跨学科评论:数据挖掘和知识发现2(1):86-97。Nik Zainal,S.,Alexandrov,L.B.,Wedge,D.C.,Van Loo,P.,Greenman,C.D.,Raine,K.,Jones,D.,Hinton,J.,Marshall,J.,Stebbings,L.A.,Menzies,A.,Martin,S.,Leung,K.,Chen,L.,Leroy,C.,Ramakrishna,M.,Rance,R.,Lau,K.W.,Mudie,L.J.,Varela,I.,McBride,D.J.,Bignell,G.R.,Cooke,S.L.,Shlien,A.,Gamble,J.,Whitmore,G.R.。I.、Maddison,M.、Tarpey,P.S.、Davies,H.R.、Papaemanuil,E。,Stephens,P.J.、McLaren,S.、Butler,A.P.、Teague,J.W.、J¨onsson,G.、Garber,J.E.、Silver,D.、Miron,P.、Fatima,A.、Boyault,S.、LangeroD,A.、Tutt,A.、Martens,J.W.、Aparicio,S.A.、Borg,A.、Salomon,A.V.、Thomas,G.、Boresen Dale,A.L.、Richardson,A.L.、Neuberger,M.S.、Futreal,P.A.、Campbell,P.M.R.斯特拉顿,J.J。;国际癌症基因组联盟乳腺癌工作组。(2012)21例乳腺癌基因组的突变过程。单元格149(5):979-993。Nik Zainal,S.、Wedge,D.C.、Alexandrov,L.B.、Petljak,M.、Butler,A.P.、Bolli,N.、Davies,H.R.、Knappskog,S.、Martin,S.、Papaemanuil,E.、Ramakrishna,M.、Shlien,A.、Simonic,I.、Xue,Y.、Tyler Smith,C.、Campbell,P.J.、Stratton,M.R.(2014)APOBEC3A和APOBEC3B种系拷贝数多态性与乳腺癌假定APOBEC依赖突变负担的关联。自然遗传学46(5):487-491。Paatero,P.和Tapper,U.(1994)正矩阵分解:一个具有最佳误差利用率的非负因子模型。

56
可人4 在职认证  发表于 2022-5-31 05:28:57
环境指标5(1):111-126。Patch,A.M.、Christie,E.L.、Etemadmoghadam,D.、Garsed,D.W.、George,J.、Fereday,S.、Nones,K.、Cowin,P.、Alsop,K.、Bailey,P.J.、Kassahn,K.S.、Newell,F.、Quinn,M.C.、Kazako ff,S.、Quek,K.、Wilhelm Benartzi,C.、Curry,E.、Leong,H.S。;澳大利亚卵巢癌研究小组,Hamilton,A.,Mileshkin,L.,Au-Yeung,G.,Kennedy,C.,Hung,J.,Chiew,Y.E.,Harnett,P.,Friedlander,M.,Quinn,M.,Pyman,J.,Cordner,S.,O\'Brien,P.,Leditschke,J.,Young,G.,Strachan,K.,Waring,P.,Azar,W.,Mitchell,C.,Traficante,N.,Hendley,J.,Thorne,H.,Shackleton,M.,Miller,D.K.,Arnau,G.M.,Tothill,R.W.,Holloway,T.P.,Semple,T。,哈利旺,I.、努尔斯,C.、努尔巴赫什,E.、曼宁,S.、伊德里索格鲁,S.、布鲁克斯纳,T.J.、克里斯,A.N.、波德尔,B.、霍姆斯,O.、安德森,M.、伦纳德,C.、洛尼,A.、霍尔,N.、伍德,S.、泰勒,D.F.、徐,Q.、芬克,J.L.、沃德尔,N.、德拉普金,R.、斯特罗纳奇,E.、加布拉,布朗,R.、朱厄尔,A.、纳加拉杰,S.H.、马克汉姆,E.、威尔逊,P.J.、埃卢,J.、麦克Nally,O.,Doyle,M.A.,Vedururu,R.,Stewart,C.,Lengyel,E.、Pearson,J.V.、Waddell,N.、deFazio,A.、Grimmond,S.M.、Bowtell,D.D.(2015)耐化学性卵巢癌的全基因机制分析。《自然》521(7553):489-494。Pelleg,D.和Moore,A.W.(2000)X-均值:扩展K-均值,并有效验证簇的数量。摘自:Langley,P.(编辑)《第17届国际机器学习会议录》。加利福尼亚州旧金山:摩根·考夫曼:第727-734页。Pettersen,H.S.、Galashevskaya,A.、Doseth,B.、Sousa,M.M.、Sarno,A.、Visnes,T.、Aas,P.A.、Liabakk,N.B.、Slupphaug,G.、Saetrom,P.、Kavli,B.、Krokan,H.E.(2015)B细胞淋巴瘤中的AID表达导致基因组尿嘧啶积累和明显的AID突变特征。DNA修复25:60-71。Poon,S.、McPherson,J.、Tan,P.、Teh,B.和Rozen,S。

57
mingdashike22 在职认证  发表于 2022-5-31 05:29:01
(2014)致癌物暴露的突变特征:全基因组检测和癌症预防的新机会。基因组医学6(3):24。Puente,X.S.、Pinyol,M.、Quesada,V.、Conde,L.、Ord'o'nez,G.R.、Villamor,N.、Escaramis,G.、Jares,P.、Be'a,S.、Gonz'alez-D'az,M.、Bassaganyas,L.、Baumann,T.、Juan,M.、L'opez Guerra,M.、Colomer,D.、Tub'o,J.M.、L'opez,C.、Navarro,a.、Tornador,C.、Aymerich,M.、Rozman,M.,Hern\'andez,J.M.,Puente,D.a.,Freije,J.M.,Velasco,G.,Guti\'errez Fern\'andez,a.,Costa,D。,Carri\'o,A.、Guijarro,S.、Enjuanes,A.、Hern\'andez,L.、Yag¨ue,J.、Nicol\'as,P.、Romeo Casabona,C.M.、Himmelbauer,H.、Castillo,E.、Dohm,J.C.、deSanjos\'E,S.、Piris,M.A.、de Alava,E.、San Miguel,J.、Royo,R.、Gelp\'305;,J.L.、Torrents,D.、Orozco,M.、Pisano,D.G.、Valencia,A.、Guigo,R.、Bay’es,M.、Heath,S.、Gut,M.、Klatt,P.、Marshall,J.、Raine,K.、Stebbings,L.A.、Futreal、,P、 A.、Stratton,M.R.、Campbell,P.J.、Gut,I.、L'opez Guillermo,A.、Estivill,X.、Montserrat,E.、L'opez Ot'n,C.、Campo,E.(2011)全基因组测序确定慢性淋巴细胞白血病的复发突变。

58
mingdashike22 在职认证  发表于 2022-5-31 05:29:04
《自然》475(7354):101-105。Puente,X.S.、Be\'a,S.、Vald\'es Mas,R.、Villamor,N.、Guti\'errez Abril,J.、Mart\'N-Subero,J.I.、Munar,M.、Rubio-P\'erez,C.、Jares,P.、Aymerich,M.、Baumann,T.、Beekman,R.、Belver,L.、Carrio,a.、Castellano,G.、Clot,G.、Colado,E.、Colomer,D.、Costa,D.、Delgado,J.、Enjuanes,a.、Estivill,X.、Ferrando,a.a.、Gelp'i,J.L.、Gonz'alez,B.、Gonz'alez,S.、Gonz'alez,M.、Gut,M。,Hern'andez Rivas,J.M.,L'opez Guerra,M.,Mart'n-Garc'a,D.,Navarro,a.,Nicol'as,P.,Orozco,M.,Payer,'a.R.,Pinyol,M.,Pisano,D.G.,Puente,D.a.,Queir'os,a.C.,Quesada,V.,Romeo Casabona,C.,Royo,R.,Rozman,M.,Russi'nol,n.,Salaver'305a,I.、Stamatopoulos,K.、Stunnenberg,H.G.、Tamborero,D.、Terol,M.J.、Valencia,a.、L’opez Bigas,n.、Torrents,D.、Gut,I。,L'opez Guillermo,A.、L'opez Ot'n,C.、Campo,E.(2015)慢性淋巴细胞白血病的非编码复发突变。《自然》526(7574):519524。Qian,J.,Wang,Q.,Dose,M.,Pruett,N.,Kie Offer Kwon,K.R.,Resch,W.,Liang,G.,Tang,Z.,Math'e,e.,Benner,C.,Dubois,W.,Nelson,S.,Vian,L.,Oliveira,T.Y.,Jankovic,M.,Hakim,O.,Gazumyan,A.,Pavri,R.,Awasthi,P.,Song,B.,Liu,G.,Chen,L.,Zhu,S.,Feigenbaum,L.,Staudt,L.,Murre,C.,Ruan,Y.,Robbiani,D.F.,Chen,L.,Zhu,M,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J.,J<pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad><pad>PanHammarstr–om,Q.,Nussenzweig,M.C.,Casellas,R.(2014)B细胞超级增强子和调节簇招募AID致瘤活性。第159(7)单元:1524-1537。Roberts,S.A.、Sterling,J.、Thompson,C.、Harris,S.、Mav,D.、Shah,R.、Klimczak,L.J.、Kryukov,G.V.、Malc,E.、Mieczkowski,P.A.、Resnick,M.A.、Gordenin,D.A.(2012)酵母和人类癌症中的聚集突变可以从受损的长单链DNA区域出现。

59
mingdashike22 在职认证  发表于 2022-5-31 05:29:08
分子细胞46(4):424-435。Roberts,S.A.、Lawrence,M.S.、Klimczak,L.J.、Grimm,S.A.、Fargo,D.、Stojanov,P.、Kiezun,A.、Kryukov,G.V.、Carter,S.L.、Saksena,G.、Harris,S.、Shah,R.R.、Resnick,M.A.、Getz,G.和Gordenin,D.A.(2013)脱细胞胞苷脱氨酶突变模式在人类癌症中广泛存在。自然遗传学45(9):970-976。Roberts,S.A.和Gordenin,D.A.(2014a)人类癌症的聚集突变。期刊:eLS(遗传学与疾病)。英国奇切斯特:John Wiley&Sons,Ltd.Roberts S.A和Gordenin D.A.(2014b)人类癌症中的集群和全基因组瞬时突变:无永久性突变或缺失的超突变。生物学36(4):382-393。Roberts S.A和Gordenin D.A.(2014c)《人类癌症基因组的超突变:足迹和机制》。《自然评论》癌症14(12):786-800。Rousseeuw,P.J.(1987)《轮廓:聚类分析解释和验证的图形辅助》。计算与应用数学杂志20(1):53-65。Roy,O.和Vetterli,M.(2007)《效果等级:效果维度的衡量标准》。欧洲信号处理会议(EUSIPCO)。波兰波兹南(9月3日至7日),pp。

60
kedemingshi 在职认证  发表于 2022-5-31 05:29:11
606-610。Scelo,G.、Riazalhosseini,Y.、Greger,L.、Letourneau,L.、Gonz\'alez Porta,M.、Wozniak,M.B.、Bourgey,M.、Harnden,P.、Egevad,L.、Jackson,S.M.、Karimzadeh,M.、Arseneault,M.、Lepage,P.、How Kit,A.、Daunay,A.、Renault,V.、Blanch\'e,H.、Tubacher,e.、Sehmoun,J.、Viksna,J.、Celms,e.、Opmanis,M.、Zarins,A.、Vasudev,M.、N.S.,Seywright,M.,Abedi Ardekani,B.,Carreira,C.,Selby,P.J。,Cartledge,J.J.、Byrnes,G.、Zavadil,J.、Su,J.、Holcatova,I.、Brisuda,A.、Zaridze,D.、Moukeria,A.、Foretova,L.、Navratilova,M.、Mates,D.、Jinga,V.、Artemov,A.、Nedoluzhko,A.、Mazur,A.、Rastorguev,S.、Boulygina,E.、Heath,S.、Gut,M.、Bihoreau,M.T.、Lechner,D.、Foglio,M.、Gut,I.G.、Skryabin,K.、Prokhortchou K,E.、Cambon Thomsen,A.、Rung,J.、Bourque,G.、Brennan,P.、Tost,J。,Banks,R.E.、Brazma,A.、Lathrop,G.M.(2014)欧洲透明细胞肾细胞癌基因组格局的变化。自然通讯5:5135。Sibson,R.(1973)SLINK:单链接聚类方法的最佳有效算法。《计算机杂志》(英国计算机学会)16(1):3034。Sima,J.和Gilbert,D.M.(2014)复杂相关性:癌症和基因组进化期间的复制时间和突变景观。当前观点素遗传学与发育25:93-100。Steinbach,M.、Karypis,G.和Kumar,V.(2000)《文档聚类技术的比较》。KDD文本挖掘研讨会400(1):525-526。斯坦豪斯(Steinhaus,H)(1957)苏拉军物资部(Sur la division des corps mat’eriels en parties)。公牛Acad。波隆。Sci。4(12):801-804。Sugar,C.A.和James,G.M.(2003)《发现数据集中的聚类数:一种信息论方法》。

您需要登录后才可以回帖 登录 | 我要注册

本版微信群
jg-xs1
拉您进交流群
GMT+8, 2026-1-2 10:05