楼主: liangweny
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[问答] 求教,factor函数设置levels后,数据变为NA是什么原因? [推广有奖]

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liangweny 发表于 2022-10-12 11:04:43 |AI写论文

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分析GEO数据集,当factor()函数加入levels=,数据变为NA。
附源代码:
#if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  #install.packages("BiocManager")
#BiocManager::install("GEOquery",force = TRUE)
#BiocManager::install("reshape2",force = TRUE)
rm(list=ls())  #清空环境内变量
options(stringsAsFactors = F)  #避免自动将字符串转换为R语言因子
suppressMessages(library(GEOquery))
library(stringr)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(limma)
gset = getGEO('GSE143303', destdir=".", AnnotGPL = F, getGPL = F)  #设置后两个为T比较耗时,而且作用不大
exp<-exprs(gset[[1]])  #exp即为表达矩阵
pdata<-pData(gset[[1]])
#临床信息中哪一列提供了分组信息需要自己去鉴别
#采用字符串分隔函数按空格进行分隔取第三位
group_list<-str_split(pdata$characteristics_ch1.1,':',simplify = T)[,2]
#设置样本分组
group_list = factor(group_list,levels = c("healthy","Severe asthma"))  #设置为因子变量
table(group_list)

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关键词:Levels factor Level 是什么原因 Facto

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