CommEcol 包中利用treeNodfTest函数计算系统发育嵌套性

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adriatic_PhyloNODF_area <- treeNodfTest(mat_bird10, col.tree= adriatic_tree, null.model="perm.rows", permutations=999)
报错情况如下：
Error in UseMethod("is.rooted") :
  "is.rooted"没有适用于"NULL"目标对象的方法
此外: Warning message:
In drop.tip.phylo(tree, treeabsent) :
  drop all tips of the tree: returning NULL

mat_bird10 物种存在性矩阵（地点 x 物种）
adriatic_tree 根据物种名称在超级树中提取的树，且为无根树。
#参考文献： Global Ecology and Biogeography - 2024 - Millien - A global assessment of nested.pdf (1.38 MB)

2024-7-21 23:11:24 上传

A global assessment of nested patterns in insular mammal
assemblages

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关键词：Ftest Tree Comm test Ecol

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