生存曲线代码

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各位大佬，
这生存曲线代码跑了没反应，跑完没有输出pdf
library(survival)
library(survminer)
setwd("C:\\panCancer\\08.survival")                     #???ù???Ŀ¼
rt=read.table("expTime.txt",header=T,sep="\t",check.names=F,row.names=1)       #??ȡ?????ļ?
rt$futime=rt$futime/365
gene=colnames(rt)[3]
pFilter=0.05            #km????pvalue????????
#?????????ͽ???ѭ??
for(i in levels(rt[,"CancerType"])){
        rt1=rt[(rt[,"CancerType"]==i),]
        group=ifelse(rt1[,gene]>median(rt1[,gene]),"high","low")
        diff=survdiff(Surv(futime, fustat) ~group,data = rt1)
        pValue=1-pchisq(diff$chisq,df=1)
        if(pValue<pFilter){
                if(pValue<0.001){
                        pValue="p<0.001"
                }else{
                        pValue=paste0("p=",sprintf("%.03f",pValue))
                }
                fit <- survfit(Surv(futime, fustat) ~ group, data = rt1)
                #????????????
                surPlot=ggsurvplot(fit,
                                    data=rt1,
                                    title=paste0("Cancer: ",i),
                                    pval=pValue,
                                    pval.size=6,
                                    legend.labs=c("high","low"),
                                    legend.title=paste0(gene," levels"),
                                    font.legend=12,
                                    xlab="Time(years)",
                                    ylab="Overall survival",
                                    break.time.by = 1,
                                    palette=c("red","blue"),
                                    conf.int=F,
                                    fontsize=4,
                                    risk.table=TRUE,
                                    risk.table.title="",
                                    risk.table.height=.25)
                pdf(file=paste0("survival.",i,".pdf"),onefile = FALSE,
                                    width = 6,             #ͼƬ?Ŀ???
                                    height =5)             #ͼƬ?ĸ߶?
                print(surPlot)
                dev.off()
        }

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关键词：Survival Library Cancer pvalue filter