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常用品系大鼠的基因组及SNP遗传标记分析
Wistar、Goto-Kakizaki(GK)、Brown-Norway(BN)及Sprague-Dawley(SD)为四种常用品系的大鼠,一般作为动物模型广泛应用于多种药物和疾病机制等研究中。遗传检测技术是实验动物遗传质量控制的重要手段之一,随着基因组学研究的不断进步,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)标记逐渐被应用于各种实验动物的遗传检测中,而且相比于传统的遗传检测方法,利用SNP标记具有多种显著优势,因此,在大鼠的遗传控制检测中SNP可成为理想的遗传标记。
本研究基于高通量测序技术、生物信息学分析技术、一代测序技术及DNA混合池法开发出了两组不同用途的SNP遗传标记,具体内容包括:(1)首先对Wistar大鼠和GK大鼠进行全基因组重测序,利用生物信息学技术将重测序结果比对到BN大鼠参考基因组,筛查到Wistar大鼠和GK大鼠基因组范围内的特异性SNP。Wistar和GK大鼠分别得到94800和106019个纯合特异性SNP,其中有56216个SNP为Wistar和GK大鼠所共有,且发现 ...

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关键词：SNP 基因组 SINGLE Brown Polym