肺衣属地衣细菌群落初步研究

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肺衣属地衣细菌群落初步研究
地衣是由真菌和藻类共生的一类特殊生物,虽无根、茎、叶的分化,却往往能在恶劣条件下存活,被称为“植物界的拓荒先锋”,具有极高的科研和食药用价值。目前发现地衣体内有大量的内生真菌、细菌,共生细菌为地衣体提供营养、氮素来源、抵抗生物以及非生物胁迫,在地衣共生系统中的作用越来越被重视,但是共生细菌的群落分布特点、影响其分布因素还有待研究。
本实验首次利用Illumina Miseq平台对采自四个不同地点的共25份肺衣属地衣标本非光合地衣细菌进行高通量测序。25份标本分别采自:云南老君山六份,四川嘎贡山自然保护区内两个地点各六份,以及云南哀牢山的七份。
主要运用Mothur软件包与基于Linux系统的FLASH、QIIME软件包,对测序得到的海量数据进行处理。25份标本测序后共得到有效序列966653条,四组25份样本中去除光合共生细菌后得到高质量序列共有392509条,每份样本平均15700条,平均占样本有效序列的40.60%。
所有标本测序得到的数据中光合共生细菌的丰度都超过半数,而本实验研究非光合地衣细菌群落,所以在后期数据处理过程中我们将光合共生细菌的序列去除 ...

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关键词：Illumina flash Linux 自然保护区 海量数据