R读取字符数据

qoiqpwqr 发表于 2012-7-24 22:34
你想要的是什么样的结果？

我在基因数据库里下载了一串DNA序列，截取当中的一段，比如长度30：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
存在e:/gene.txt中
我想用R读取这个数据，命名为x
希望x是一个向量，也就是说x[1]=C x[2]=A .... 读取出来的x的length(x)=30
只有这样我才能对它进行后续分析

ltx5151 发表于 2012-7-25 11:08
呵呵，这个回复我最同意。没看懂LZ想要啥。不介意的话，可以把部分数据发上来。

不知道你有没有分析过DNA序列？

我在基因数据库里下载了一串DNA序列，截取当中的一段，比如长度30：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
存在e:/gene.txt中
我想用R读取这个数据，命名为x
希望x是一个向量，也就是说x[1]=C x[2]=A .... 读取出来的x的length(x)=30
只有这样我才能对它进行后续分析

mengqinqing 发表于 2012-7-26 21:25
我在基因数据库里下载了一串DNA序列，截取当中的一段，比如长度30：CACCATCTCTGGGCAGTAGGCCTGGGCTGT
存在 ...

在gene.txt的最后加一个回车
x <- read.table("gene.txt")
x <- as.character(x[1, 1])
x <- unlist(strsplit(x, split=""))

qoiqpwqr 发表于 2012-7-26 23:04
在gene.txt的最后加一个回车
x

版主，太感谢你了！
由于我的数据很长且中间已有回车，所以把x[1, 1]改成了x[, 1]，这样就可以读取全部数据了，如下：
x <- read.table("gene.txt")
x <- as.character(x[, 1])
x <- unlist(strsplit(x, split=""))

继续帮顶

trier2006 发表于 2012-7-27 20:46
继续帮顶

谢谢，已经解决了

试一下下面是否你需要的结果
a.in=scan('e:/gene.txt',what='character')
a.out=character()
for(i in 1:nchar(a.in)) {a.out[i]=substr(a.in,i,i)}

## a.out 即为输出的单字符向量

lanyajia 发表于 2012-7-29 23:23
试一下下面是否你需要的结果
a.in=scan('e:/gene.txt',what='character')
a.out=character()

谢谢！也是一个好办法！