研究问题:人类蛋白质相互作用网络中心度分析主要参考文献:Goh, K.I. and Cusick,M.E. and Valle, D. and et al., The human diseasenetwork,Proceedings of theNational Academy of Sciences, 2007:104(21),8685--8690.
用到的主要pakage: igraph
1、建立网络:
library(igraph)
human<-read.table
HumanPro<-graph.data.frame(human, directed=FALSE)
summary(HumanPro)
IGRAPH UN-- 7533 22051 --
attr: name (v/c)
建立的人类蛋白质相互作用网络中含有7533个节点,22051条边,为无向图
2、网络中心度计算
对于复杂网络,中心度(参考http://en.wikipedia.org/wiki/Centrality#cite_note-12)是用来度量节点重要性的指标,目前已经存在的中心度指标有很多种。其中畅用到的重要指标是度(degree),介数(Betweenness),紧密度(closeness),pagerank。这次作业中,我将计算出人类蛋白质相互作用网络中各个蛋白质的这4种中心度指标。
(1)度计算
Degr<-degree(HumanPro)
write.table(Degr,"D:\\刘雪明\\刘雪明\\2012\\数据分析与R语言\\Degree.txt")
计算出网络中所有节点的度之后,度分布是网络的一个重要的全局特性。下面画出网络的度分布图。
DegrDis<-degree.distribution(HumanPro)
plot(DegrDis)
从结果来看可知网络度分布服从幂律分布,是典型的无标度网络(scale-free network: http://en.wikipedia.org/wiki/Scale-free_network)
(2)介数计算Betw<-betweenness(HumanPro,directed=FALSE,normalized=TURE, normalized=T)write.table(Betw,(3)紧密度计算Close<-closeness(HumanPro, mode="all")write.table(4)pagerank计算PageRank<-page.rank(HumanPro)write.table(PageRank,
3 人类蛋白质相关网络中心度分析 从4种指标的结果来看,每个节点的度,介数,pagerank变化趋势相近,而紧密度则相差较大。
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