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至2013年，安徽中医药大学有29个本科专业（方向）（其中国家教育部高等学校特色专业5个，均已列入一本招生），有2个一级学科博士学位授予点，4个一级学科硕士学位授予点、25个二级学科硕士学位授予点、2个硕士专业学位授权点，5个博士生联合培养基地。 有 17个国家中医药管理局重点建设学科、1个省级重中之重学科，12个省级重点建设学科，6个卫生部国家临床重点专科，21个国家中医药管理局重点建设专科、23个安徽省中医药重点专科。
安徽中医药大学是全国最早开办中医研究生教育的高校之一，1978年开始招收硕士研究生，1999年开始与复旦大学、北京中医药大学等联合培养博士研究生；2008年，获准成为推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生的院校。
安徽中医药大学省（部）级重点学科一览
名称 | 级别 | 批准时间 |
中医肺病学 | 国家中医药重点学科 | 2002年9月 2009年12月 |
中医基础理论 | 国家中医药重点学科 | 2009年12月 |
中医痹病学 | 国家中医药重点学科 | 2009年12月 |
中医内分泌病学 | 国家中医药重点学科 | 2009年12月 |
针灸学 | 国家中医药重点学科 | 2009年12月 |
药用植物学 | 国家中医药重点学科 | 2009年12月 |
中医文化学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医疮疡病学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中西医结合临床 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医老年病学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中药化学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
临床中药学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医传染病学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医史学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医养生学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医治未病 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医药信息学 | 国家中医药重点学科 | 2012年8月 |
中医学 | 安徽省重点学科（A类） | 2008年9月 |
中医内科学 | 安徽省重点学科（B类） | 1996年9月 2002年1月 2008年9月 |
针灸推拿学 | 安徽省重点学科（B类） | 2002年1月 2008年9月 |
中医基础理论 | 安徽省重点学科（B类） | 2008年9月 |
中药学 | 安徽省重点学科（B类） | 2008年9月 |
中医妇科学 | 安徽省重点学科（B类） | 2008年9月 |
中西医结合临床 | 安徽省重点学科（B类） | 2008年9月 |
中西医结合基础 | 安徽省重点学科（B类） | 2008年9月 |
中医诊断学 | 安徽省重点学科（B类） | 2012年7月 |
中药药理学 | 安徽省重点学科（B类） | 2012年7月 |
药剂学 | 安徽省重点学科（B类） | 2012年7月 |
方剂学 | 安徽省重点学科（B类） | 2012年7月 |
中医外科学 | 安徽省重点学科（B类） | 2012年7月 |
护理学院 | 护理学专业创办于1990年，是全国高等中医院校中较早开设护理专业的院校之一，2002年增招了美容医学专业，护理学院下设四个科级建制（办公室、教学、实习、团总支）、三个教研室（护理学教研室、中医护理学教研室、美容医学教研室）和一个实验教学中心。护理学院设护理学及中西医临床医学（美容医学方向）两大专业，其专业包括护理学本科、护理学本科（涉外护理方向）、护理学专升本、护理学专科及中西医临床（美容医学方向）本科。 |
中医临床学院 | 前身为中医系，创办于1959年，是安徽中医学院建校以来开办最早的系，1997年更名为临床医学一系，2004年更名为中医临床学院，有本科专业（方向）5个，硕士点6个，博士生联合培养基地2个，国家新增博士学位授予单位授权学科1个，博士后岗位1个。 |
针灸骨伤临床学院 | 原名针灸系，始建于1983年，1997年更名为临床医学二系。2002年临床医学二系与针灸经络研究所实现“系所合一”，两块牌子一个机构。2004年10月更名为针灸骨伤临床学院。有针灸推拿学、针灸推拿学（国际交流方向）、针灸推拿学（骨伤科学方向）、中西医临床医学（医疗保险方向）、康复治疗学五个本科专业（方向），一个推拿学专科专业（养生保健方向）。 |
中西医结合临床学院 | 前身是安徽中医药大学基础部，1993年10月成立中西医结合系。2004年11月，更名为“中西医结合临床学院”，有中西医临床医学和中西医临床医学（全科医学方向）2个本科专业。 |
药学院 | 前身是1972年安徽医学院开设的药学班，1974年建系，1976年从安徽医学院分出，成立安徽中医学院药学系，2004年1月成立药学院，有药学、中药学、制药工程、药物制剂等4个本科专业（方向），药物分析与检验1个专科专业。 |
医药信息工程学院 | 2002年成立，有信息管理与信息系统、计算机科学与技术（医药软件开发）、计算机科学与技术（2+2中韩校际交流）、计算机科学与技术（信息系统工程监理）和医疗器械工程5个全日制本科专业（方向）。 |
医药经济管理学院 | 前身为医药经济管理系，成立于2001年8月，2005年9月正式成立医药经济管理学院，是安徽中医药大学第一个医药科学与人文社会科学相结合的二级学院，有应用心理学、国际经济与贸易、人力资源管理、公共事业管理、药品营销等五个专业。 |
人文学院 | 2008年设立的二级教学机构，与公共艺术教学部实行一个机构两块牌子，有大学语文（医古文）、对外汉语、法学和公共艺术四个教研室。 |
国际教育交流学院 | 成立于2008年11月，设有办公室、境外学生管理部、外国语培训中心和外语教学部。 |
继续教育学院 | 下设办公室、教务科、学生科、培训部和中国药科大学函授站，有中医学、中西医临床医学、药学、护理学等20多个本、专科专业（方向）。 |
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