求关于基因表达数据的分析方法

初步估计是这样的。。。可能有很大误差，仅供参考
上调基因：
"X11"  "X13"  "X503" "X505" "X508" "X509" "X511" "X515" "X520" "X521"
"X526" "X530" "X541" "X545" "X548" "X550" "X551" "X555" "X558" "X559"
"X566" "X586" "X587" "X589"

下调基因：
"X12"  "X15"  "X16"  "X502" "X507" "X513" "X514" "X516" "X522" "X523"
"X528" "X529" "X532" "X535" "X536" "X538" "X540" "X549" "X554" "X561"
"X562" "X563" "X564" "X565" "X568" "X569" "X570" "X574" "X575" "X579"
"X582" "X584" "X588" "X590" "X592" "X593" "X599" "X600"

曲散人终 发表于 2015-1-22 14:43
敢问哪几行是正常的，哪几行是病人的？

前20个是正常的，后20个是病人

Irene徐 发表于 2015-1-22 21:07
前20个是正常的，后20个是病人

我聚出来的结果也是这样的。。。你是要筛选差异表达基因吧。。。我用T检验筛选了一下，结合了FDR，初步得到以上结果，仅供参考。。。

曲散人终 发表于 2015-1-22 15:07
初步估计是这样的。。。可能有很大误差，仅供参考
上调基因：
"X11"  "X13"  "X503" "X505" "X508" "X509 ...

可以把代码给我看下吗，感激不尽···

Irene徐 发表于 2015-1-22 21:12
可以把代码给我看下吗，感激不尽···

。。。我是用了EMA这个软件包和bioconductor的affy软件包，你的R上有吗？没有的话用source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
还有
install.packages("EMA")
要先安装这两个包才行。。。

我明天考试了。。。可以等明天考完再说吗。。。

曲散人终 发表于 2015-1-22 21:15
我明天考试了。。。可以等明天考完再说吗。。。

那你忙吧，不过还是很感谢你！

曲散人终 发表于 2015-1-22 21:15
我明天考试了。。。可以等明天考完再说吗。。。

再问你个问题，我的数据是微阵列数据吗？

Irene徐 发表于 2015-1-22 21:30
再问你个问题，我的数据是微阵列数据吗？

不知道。。。一般微阵列数据都是CEL文件中提取出来的。。。我不知道你的是不是，不过方法都是一样的吧。。。你的是基因表达数据吧。。。

很不错的分析