200论坛币求助读xml文件转成所需的data.frame

1. library(XML)
   
2. file <-"E:/BRCA/aaa.xml"
   
3. doc = xmlInternalTreeParse(file)
   
4. #Get the namespace name
   
5. ns=names(xmlNamespace(xmlRoot(doc)))
   
6. patient=getNodeSet(doc, path=paste("/", ns, ":tcga_bcr/", ns,":patient", sep=""))
   
7. row=xmlToDataFrame(nodes=patient, stringsAsFactors = F)

复制代码

比如 clin_shared:race_list 中 有clin_shared:race 则读入clin_shared:raceshared_stage:stage_event有很多子节点，每个节点都是一列。
如有preferred_name, 列明用preferred_name。


aaa.rar (1.68 KB) 本附件包括：

• aaa.xml

2016-9-25 21:30:18 上传

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