如何提高perl运行的效率

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想实现这样一个目的：输入是三个文件，miRNA与mRNA/lncRNA/circRNA的靶向关系结果，因为mRNA/lncRNA/circRNA可以竞争性结合miRNA发挥作用，所以这三者又叫做ceRNA。需要输出的文件格式是有五列，ceRNA1/ceRNA2/ceRNA结合的miRNA的个数/ceRNA2结合的小RNA的个数/ceRNA1和ceRNA2结合的共有miRNA的个数。我用perl 实现了，思路是把每种ceRNA对应的靶miRNA存成hash,然后遍历hash，对ceRNA，两两计算共有miRNA个数，个数大于0则输出。但是当靶向关系对很多时，程序的效率会很低。由于不是编程能手，所以想咨询一下，如何才能高效完成。如果是换其他编程语言，能实现的话也是极好的。各位大神有什么建议吗？

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关键词：文件格式 编程语言 发挥作用 小RNA 关系对