楼主: lanhong1993
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[问答] 关于ggtree [推广有奖]

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lanhong1993 发表于 2020-1-23 23:29:54 |AI写论文

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ggtree是余光创教授写的用于画进化树的包。我此前一直在用。
但最近不知为何,一直报错,以前写的代码也运行不了。报错如下,
请教,有人知道什么原因么?
> library(ggtree)载入程辑包:‘tidytree’The following object is masked from ‘package:ggtree’:    MRCAThe following object is masked from ‘package:stats’:    filter> x<-rtree(30)> p<-ggtree(x)Error in as.data.frame.default(value, stringsAsFactors = FALSE) :   cannot coerce class ‘"phylo"’ to a data.frame

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关键词:Tree GTR following package Library

沙发
lanhong1993 发表于 2020-1-23 23:31:36
上传后,代码就乱了,我重新写一下

> library(ggtree)
> x<-rtree(30)
> p<-ggtree(x)
Error in as.data.frame.default(value, stringsAsFactors = FALSE) :   cannot coerce class ‘"phylo"’ to a data.frame

藤椅
lanhong1993 发表于 2020-1-23 23:33:20
以前写的能跑通的,现在都不行了,如下,
> ag<-read.tree("E:/lab/whw_strains/ridom2/ag.nwk")
> agtree<-ggtree(ag)
Error in as.data.frame.default(value, stringsAsFactors = FALSE) :
  cannot coerce class ‘"phylo"’ to a data.frame

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