| 所在主题: | |
| 文件名: rep_seqs_tax.txt | |
| 资料下载链接地址: https://bbs.pinggu.org/a-2496918.html | |
| 附件大小: | |
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以下为源代码:
# 读取taxonomy,并添加各列名称 taxonomy = read.delim("rep_seqs_tax.txt", row.names= 1,header=F, sep="\t") colnames(taxonomy) = c("kingdom","phylum","class","order","family","genus","species","evalue") # 标记差异OTU类型 x$level = as.factor(ifelse(x$sig==1, "enriched",ifelse(x$sig==-1, "depleted","nosig"))) x$otu = rownames(x) # 转换Pvalue为负对数 x$neglogp = -log(x$PValue)... 完整版如下: 上面是网络上的源代码,一直想用自己数据试试,但是运行到第二步老是出错。 是没有定义x么?如何解决?求教各位大神,刚刚接触,想学做个曼哈顿图进行生信分析,瞎忙了两天没有点进展 根据网络教程所述最后运行成功的图如下:附上源文件: 真心求教!!! |
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