# 读取taxonomy,并添加各列名称
taxonomy = read.delim("rep_seqs_tax.txt", row.names= 1,header=F, sep="\t")
colnames(taxonomy) = c("kingdom","phylum","class","order","family","genus","species","evalue")
# 标记差异OTU类型
x$level = as.factor(ifelse(x$sig==1, "enriched",ifelse(x$sig==-1, "depleted","nosig")))
x$otu = rownames(x)
# 转换Pvalue为负对数
x$neglogp = -log(x$PValue)...
完整版如下:
完整版R代码.txt
(1.8 KB)
上面是网络上的源代码,一直想用自己数据试试,但是运行到第二步老是出错。
是没有定义x么?如何解决?求教各位大神,刚刚接触,想学做个曼哈顿图进行生信分析,瞎忙了两天没有点进展
根据网络教程所述最后运行成功的图如下:
附上源文件:
rep_seqs_tax.txt
(90.73 KB)
真心求教!!!


雷达卡



京公网安备 11010802022788号







