楼主: zcxxyzabc
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[问答] 代码老是出错,求大神指点迷津 [推广有奖]

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zcxxyzabc 发表于 2018-6-23 16:43:18 |AI写论文

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以下为源代码:

# 读取taxonomy,并添加各列名称
taxonomy = read.delim("rep_seqs_tax.txt", row.names= 1,header=F, sep="\t")
colnames(taxonomy) = c("kingdom","phylum","class","order","family","genus","species","evalue")
# 标记差异OTU类型
x$level = as.factor(ifelse(x$sig==1, "enriched",ifelse(x$sig==-1, "depleted","nosig")))
x$otu = rownames(x)
# 转换Pvalue为负对数
x$neglogp = -log(x$PValue)...


完整版如下:
完整版R代码.txt (1.8 KB)

上面是网络上的源代码,一直想用自己数据试试,但是运行到第二步老是出错。
360截图20180623162644931.jpg
是没有定义x么?如何解决?求教各位大神,刚刚接触,想学做个曼哈顿图进行生信分析,瞎忙了两天没有点进展根据网络教程所述最后运行成功的图如下:
360截图20180623163022179.jpg
附上源文件:
rep_seqs_tax.txt (90.73 KB)

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关键词:R语言

沙发
cheetahfly 在职认证  发表于 2018-6-23 21:37:13
按照你的代码,变量“x”是忽然出现的,没有该变量存在。

藤椅
hifinecon 发表于 2018-6-23 23:44:31
good observation

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