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NMDS作图
#install.packages("ggplot2") #install.packages("permute") #install.packages("lattice") #install.packages("vegan") library(ggplot2) library(permute) library(lattice) library(vegan) df = read.csv("C:/Users/tangyj/Desktop/NMDS/nmdsdata.csv",header = T, row.names = 1) #df=t(df) # 对数据进行转置 dfGroup = read.delim("C:/Users/tangyj/Desktop/NMDS/nmdsgroup.csv",row.names = 1) dfNmds<-metaMDS(df,distance="bray",k = 2) # 绘图前的数据整理 data = data.frame(dfNmds$points) data$group = dfGroup$Group # 绘图 #使用ggplot2画图,逐步添加 ggplot(data,aes(x = MDS1, y = MDS2, color = group, group = group, fill = group) )+ geom_point(size=2)+ theme_classic()+ stat_ellipse( # 添加置信区间 geom = "polygon", level = 0.95, alpha=0.3)+ geom_text( # 添加文本标签 aes(label=rownames(data)), vjust=1.5, size=2, color = "black" )+ labs( # 在副标题处添加stress subtitle = paste("stress=",round(dfNmds$stress,3),sep="") ) 前面运行过程都未报错,但是在运行绘图时报错(如图)请问各位大神这种情况处理?是数据整理出错了吗?(示例数据上传)还是作图代码写错了? |
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