楼主: 15182952842
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[问答] NMDS作图报错 [推广有奖]

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楼主
15182952842 发表于 2022-12-7 17:26:13 |AI写论文

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NMDS作图
#install.packages("ggplot2")
#install.packages("permute")
#install.packages("lattice")
#install.packages("vegan")
library(ggplot2)
library(permute)
library(lattice)
library(vegan)

df = read.csv("C:/Users/tangyj/Desktop/NMDS/nmdsdata.csv",header = T, row.names = 1)
#df=t(df) # 对数据进行转置
dfGroup = read.delim("C:/Users/tangyj/Desktop/NMDS/nmdsgroup.csv",row.names = 1)
dfNmds<-metaMDS(df,distance="bray",k = 2)
# 绘图前的数据整理
data = data.frame(dfNmds$points)
data$group = dfGroup$Group

# 绘图
#使用ggplot2画图,逐步添加
ggplot(data,aes(x = MDS1,
                y = MDS2,
                color = group,
                group = group,
                fill = group)
)+
  geom_point(size=2)+
  theme_classic()+
  stat_ellipse(             # 添加置信区间
    geom = "polygon",
    level = 0.95,
    alpha=0.3)+
  geom_text(                # 添加文本标签
    aes(label=rownames(data)),
    vjust=1.5,
    size=2,
    color = "black"
  )+
  labs(                     # 在副标题处添加stress
    subtitle = paste("stress=",round(dfNmds$stress,3),sep="")
  )
前面运行过程都未报错,但是在运行绘图时报错(如图)请问各位大神这种情况处理?是数据整理出错了吗?(示例数据上传)还是作图代码写错了?

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关键词:NMDS MDS Packages install package

NMDS运行报错.png (12.57 KB)

NMDS运行报错.png

nmdsgroup.xlsx
下载链接: https://bbs.pinggu.org/a-3813942.html

10.14 KB

nmdsdata.xlsx

10.88 KB

沙发
handdyyy 发表于 2022-12-8 20:04:23
dfGroup = read.csv("nmdsgroup.csv",row.names = 1)#这里用了read.csv
data$group<- dfGroup$Group# 这里只添加Group这一列,而不是整个data.frame
就OK了
另外数据名字尽量不要和参数名字一致。比如ggplot里有group这个参数,尽量不要在数据里也用同样的名字命名。

藤椅
15182952842 发表于 2022-12-8 20:48:29
handdyyy 发表于 2022-12-8 20:04
dfGroup = read.csv("nmdsgroup.csv",row.names = 1)#这里用了read.csv
data$group
非常感谢,本来就是copy别人的代码,但是没看清楚。感谢大神的提醒。

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