求同时选定title列的第3和4个单词，作为分组条件

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关键词：Title ITL R语言新手问题 R语言处理过程 ；R语言

多一个步骤，你可以用strsplit把这个title分开，然后取第三个和第四个。

owenqi 发表于 2021-8-17 08:17
多一个步骤，你可以用strsplit把这个title分开，然后取第三个和第四个。

老师能告诉下代码吗？万分感谢！！！！

sdzyydx2019 发表于 2021-8-17 09:27
老师能告诉下代码吗？万分感谢！！！！

来自一个没有编程基础的医学生求助。

sdzyydx2019 发表于 2021-8-17 09:30
来自一个没有编程基础的医学生求助。

我意思是你原来title不是一个变量吗，然后你用strsplit就可以变成另外5个多出来的变量，然后你就选择你需要的变量进行筛选，分组就好了。你这没有数据的，我也不好写啊。

owenqi 发表于 2021-8-17 10:38
我意思是你原来title不是一个变量吗，然后你用strsplit就可以变成另外5个多出来的变量，然后你就选择你需 ...

if(F){
  library(GEOquery)
  eSet <- getGEO('GSE4745', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,
                 getGPL = F)
  save(eSet,file='GSE4745_eSet.Rdata')
}
load('GSE4745_eSet.Rdata')


b = eSet[[1]]
raw_exprSet=exprs(b)
phe=pData(b)
library(stringr)


group_list= str_split(as.character(phe$title),'_',simplify = T)[,3:4]


table(group_list)
save(raw_exprSet,group_list,
     file='GSE4745_raw_exprSet.Rdata')

rm(list=ls())
if(F){
  library(GEOquery)
  eSet <- getGEO('GSE4745', destdir=".",
                 AnnotGPL = F,
                 getGPL = F)
  save(eSet,file='GSE4745_eSet.Rdata')
}
load('GSE4745_eSet.Rdata')
b = eSet[[1]]
raw_exprSet=exprs(b)
raw_exprSet[1:4,1:4]
phe=pData(b)
phe$title
library(stringr)
str_split(title)
group_list= str_split(as.character(phe$title),'_',simplify = T)[,3:4]
group_list=paste0(group_list,'')
table(group_list)
save(raw_exprSet,group_list,
     file='GSE4745_raw_exprSet.Rdata')

老师，就是group_list分组那里，以title列的第3和第4个单词作为条件分组。上面代码是我复制的别的老师的。抱歉老师，我这上传不了分完组后的图片

我给你写个简单的例子，你就知道我在说什么了。

1. library(tidyr)
   
2. 
   
3. df <- data.frame(title = c('a_b_1_x', 'a_b_1_y'), val = c(7,8))
   
4. df %>% separate(title, into = paste0('w', 1:4), sep = '_')

复制代码

>name<- strsplit((GEOquery$title), " ")
>name

title 3<- sapply(name, "[", 3)
title 4<- sapply(name,"[",4)
GEOquery< cbind(title 3, title 4, GEOquery[,-title]
GEOquery