关于R error：cannot allocate vector of size 5.7 MB

是 否 +2 论坛币

k人 参与回答

经管之家送您一份

应届毕业生专属福利!

求职就业群

赵安豆老师微信：zhaoandou666

经管之家联合CDA

送您一个全额奖学金名额~ !

立即领取

感谢您参与论坛问题回答

经管之家送您两个论坛币！

+2 论坛币

如题，我在用R计算从物种库中随机抽取物种组合的时候，由于数据量太大（4.5 million individual），出现了如下错误，如下图：
迭代2000次到34%就报错停止了（上面的红圈），迭代1000次到67%就报错停止了（下面的红圈），请问这是电脑硬件不行吗？是内存不够大？如何解决这种问题呢？给电脑加内存条行吗？谢谢大家

扫码加我 拉你入群

请注明：姓名-公司-职位

以便审核进群资格，未注明则拒绝

分享0 收藏0 回帖

关键词：Vector cannot Error canno size error

这个是R的特点，有几个解决方法：
1.升级到R3.3.0及以上版本，对内存的管理和矩阵计算好太多。在R3.2.5上能死机的计算，在R3.3.0以上就能运行很好。
2.加载一些R语言磁盘缓存包，搜一搜吧
3.写代码的时候适当加一些清理内存的命令。
4.应该跑多线程了吧。
5.加内存作用有限。在R3.2.5上能把服务器跑死机，服务器是44核，512G内存。优化一下代码很有必要。

加内存吧。

nuomin 发表于 2016-12-21 08:56
这个是R的特点，有几个解决方法：
1.升级到R3.3.5以上版本，对内存的管理和矩阵计算好太多。在R3.3.1上能死 ...

目前CRAN的最新版本是到3.3.2，请问你从哪里下的3.3.5版本的?

felixzhao123 发表于 2016-12-21 09:26
目前CRAN的最新版本是到3.3.2，请问你从哪里下的3.3.5版本的?

sorry，错了，是3.2.5升级到3.3.0

请问解决了吗?
我的提示Error: cannot allocate vector of size 1.4 Gb

有时候加内存条也不能满足大数据增加的需求。采用parallel计算策略吧，如果数据一次性读入也不行，可配合filematrix包，分次从硬盘读数据，不过这会慢很多。

欢迎使用Markdown编辑器

经管之家：Do the best economic and management education！

你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。

功能快捷键

撤销：Ctrl/Command + Z
重做：Ctrl/Command + Y
加粗：Ctrl/Command + B
斜体：Ctrl/Command + I
标题：Ctrl/Command + Shift + H
无序列表：Ctrl/Command + Shift + U
有序列表：Ctrl/Command + Shift + O
检查列表：Ctrl/Command + Shift + C
插入代码：Ctrl/Command + Shift + K
插入链接：Ctrl/Command + Shift + L
插入图片：Ctrl/Command + Shift + G

合理的创建标题，有助于目录的生成

直接输入1次#，并按下space后，将生成1级标题。
输入2次#，并按下space后，将生成2级标题。
以此类推，我们支持6级标题。

如何改变文本的样式

强调文本 强调文本

加粗文本 加粗文本

标记文本

删除文本

引用文本

H₂O is是液体。

2¹⁰ 运算结果是 1024.

插入链接与图片

链接: 经管之家官网.

图片:

带尺寸的图片:

如何插入一段漂亮的代码片

选择一款你喜欢的代码片高亮样式，下面展示同样高亮的 代码片.

def get_abs(x):
    if not isinstance(x, (int, float)):
        raise TypeError('bad operand type')
    if x >= 0:
        return x
    else:
        return -x

生成一个适合你的列表

• 项目
  • 项目
    • 项目

1. 项目1
2. 项目2
3. 项目3

• 计划任务
• 完成任务

创建一个表格

一个简单的表格是这么创建的：

项目	Value
电脑	$1600
手机	$12
导管	$1

设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列	第二列	第三列
第一列文本居中	第二列文本居右	第三列文本居左

SmartyPants

SmartyPants将ASCII标点字符转换为“智能”印刷标点HTML实体。例如：

TYPE	ASCII	HTML
Single backticks	'Isn't this fun?'	‘Isn’t this fun?’
Quotes	"Isn't this fun?"	“Isn’t this fun?”
Dashes	-- is en-dash, --- is em-dash	– is en-dash, — is em-dash

创建一个自定义列表

Markdown

Text-to-HTML conversion tool

Authors

John

Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。¹

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML。

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 $\Gamma(n) = (n-1)!\quad\forall n\in\mathbb N$ 是通过欧拉积分

$\Gamma(z) = \int_0^\infty t^{z-1}e^{-t}dt\,.$

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式[here][1].

新的甘特图功能，丰富你的文章

• 关于 甘特图 语法，参考 [这儿][2],

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：:

这将产生一个流程图。:

• 关于 Mermaid 语法，参考 [这儿][3],
  [1]: http://meta.math.stackexchange.com/questions/5020/mathjax-basic-tutorial-and-quick-reference
  [2]: https://mermaidjs.github.io/
  [3]: https://mermaidjs.github.io/
  [4]: http://adrai.github.io/flowchart.js/

---

1. 注脚的解释 ↩︎

请问具体怎么运用呢

欢迎使用Markdown编辑器

经管之家：Do the best economic and management education！

你好！ 这是你第一次使用 Markdown编辑器 所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Markdown编辑器, 可以仔细阅读这篇文章，了解一下Markdown的基本语法知识。

功能快捷键

撤销：Ctrl/Command + Z
重做：Ctrl/Command + Y
加粗：Ctrl/Command + B
斜体：Ctrl/Command + I
标题：Ctrl/Command + Shift + H
无序列表：Ctrl/Command + Shift + U
有序列表：Ctrl/Command + Shift + O
检查列表：Ctrl/Command + Shift + C
插入代码：Ctrl/Command + Shift + K
插入链接：Ctrl/Command + Shift + L
插入图片：Ctrl/Command + Shift + G

合理的创建标题，有助于目录的生成

直接输入1次#，并按下space后，将生成1级标题。
输入2次#，并按下space后，将生成2级标题。
以此类推，我们支持6级标题。

如何改变文本的样式

强调文本 强调文本

加粗文本 加粗文本

标记文本

删除文本

引用文本

H₂O is是液体。

2¹⁰ 运算结果是 1024.

插入链接与图片

链接: 经管之家官网.

图片:

带尺寸的图片:

如何插入一段漂亮的代码片

选择一款你喜欢的代码片高亮样式，下面展示同样高亮的 代码片.

def get_abs(x):
    if not isinstance(x, (int, float)):
        raise TypeError('bad operand type')
    if x >= 0:
        return x
    else:
        return -x

生成一个适合你的列表

• 项目
  • 项目
    • 项目

1. 项目1
2. 项目2
3. 项目3

• 计划任务
• 完成任务

创建一个表格

一个简单的表格是这么创建的：

项目	Value
电脑	$1600
手机	$12
导管	$1

设定内容居中、居左、居右

使用:---------:居中
使用:----------居左
使用----------:居右

第一列	第二列	第三列
第一列文本居中	第二列文本居右	第三列文本居左

SmartyPants

SmartyPants将ASCII标点字符转换为“智能”印刷标点HTML实体。例如：

TYPE	ASCII	HTML
Single backticks	'Isn't this fun?'	‘Isn’t this fun?’
Quotes	"Isn't this fun?"	“Isn’t this fun?”
Dashes	-- is en-dash, --- is em-dash	– is en-dash, — is em-dash

创建一个自定义列表

Markdown

Text-to-HTML conversion tool

Authors

John

Luke

如何创建一个注脚

一个具有注脚的文本。¹

注释也是必不可少的

Markdown将文本转换为 HTML。

KaTeX数学公式

您可以使用渲染LaTeX数学表达式 KaTeX:

Gamma公式展示 $\Gamma(n) = (n-1)!\quad\forall n\in\mathbb N$ 是通过欧拉积分

$\Gamma(z) = \int_0^\infty t^{z-1}e^{-t}dt\,.$

你可以找到更多关于的信息 LaTeX 数学表达式[here][1].

新的甘特图功能，丰富你的文章

• 关于 甘特图 语法，参考 [这儿][2],

UML 图表

可以使用UML图表进行渲染。 Mermaid. 例如下面产生的一个序列图：:

这将产生一个流程图。:

• 关于 Mermaid 语法，参考 [这儿][3],
  [1]: http://meta.math.stackexchange.com/questions/5020/mathjax-basic-tutorial-and-quick-reference
  [2]: https://mermaidjs.github.io/
  [3]: https://mermaidjs.github.io/
  [4]: http://adrai.github.io/flowchart.js/

---

1. 注脚的解释 ↩︎