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 | 开心 2017-10-15 12:28:12 |
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签到天数: 2 天 连续签到: 1 天 [LV.1]初来乍到
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5论坛币
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新人,求帮助。
正在使用ggplot制作火山图,遇到如下问题:
- > library(ggplot2)
- > data=read.table("voom GC NvT.tsv",header = TRUE, row.names = 1)
- > class(data)
- [1] "data.frame"
- > map<-ggplot(data,aes("logFC",-1*log10("adj.P.Val")))
- > map+
- + geom_point()
- Error in log10("adj.P.Val") :
- non-numeric argument to mathematical function
- > data
- logFC Ae P.Value adj.P.Val
- A1 -0.1622 7.4898 8.2435e-13 1.1685e-08
- AC1 0.4167 4.8621 1.4801e-12 1.1685e-08
- AD9 -0.1245 7.2064 3.3256e-12 1.7503e-08
- B7 -0.4065 6.3535 6.7284e-12 2.6559e-08
- C1 -0.6619 5.7820 1.4772e-11 4.6647e-08 ##后面省略
复制代码 这似乎提示adj.P.Val是非数字化的参数,但是我使用as.numeric后
- > yy=as.numeric("adj.P.Val")
- Warning message:
- NAs introduced by coercion
- > class("adj.P.Val")
- [1] "character"
- > class("logFC")
- [1] "character"
复制代码 我估计是adj.P.Val是科学计数法的缘故,请问该怎么办?
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