楼主: ghost12315
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[问答] non-numeric argument to mathematical function [推广有奖]

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楼主
ghost12315 发表于 2017-9-23 18:32:15 |AI写论文
5论坛币
新人,求帮助。
正在使用ggplot制作火山图,遇到如下问题:
  1. > library(ggplot2)
  2. > data=read.table("voom GC NvT.tsv",header = TRUE, row.names = 1)
  3. > class(data)
  4. [1] "data.frame"
  5. > map<-ggplot(data,aes("logFC",-1*log10("adj.P.Val")))
  6. > map+
  7. + geom_point()
  8. Error in log10("adj.P.Val") :
  9.   non-numeric argument to mathematical function
  10. > data
  11.       logFC Ae    P.Value  adj.P.Val
  12. A1         -0.1622  7.4898 8.2435e-13 1.1685e-08
  13. AC1          0.4167  4.8621 1.4801e-12 1.1685e-08
  14. AD9          -0.1245  7.2064 3.3256e-12 1.7503e-08
  15. B7           -0.4065  6.3535 6.7284e-12 2.6559e-08
  16. C1          -0.6619  5.7820 1.4772e-11 4.6647e-08    ##后面省略
复制代码
这似乎提示adj.P.Val是非数字化的参数,但是我使用as.numeric后
  1. > yy=as.numeric("adj.P.Val")
  2. Warning message:
  3. NAs introduced by coercion
  4. > class("adj.P.Val")
  5. [1] "character"
  6. > class("logFC")
  7. [1] "character"
复制代码
我估计是adj.P.Val是科学计数法的缘故,请问该怎么办?

关键词:Mathematical mathematica Mathematic Thematic function

沙发
ghost12315 发表于 2017-9-23 19:48:10
已解决。
  1. map1<-ggplot(data,aes(x=logFC,y=-1*log10(adj.P.Val)))
复制代码

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