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@@529626 发表于 2019-11-11 13:43:01 |显示全部楼层
outTab=data.frame(gene=colnames(rt[,(clinicalNum+2):ncol(rt)]))
> for(clinical in colnames(rt[,2:(clinicalNum+1)])){
+     xlabel=vector()
+ tab1=table(rt[,clinical])
+ labelNum=length(tab1)
+ dotCol=c("blue","red")
+ if(labelNum==3){
+ dotCol=c(2,3,4)
+ }
+ if(labelNum==4){
+ dotCol=c(2,3,4,5)
+ }
+ if(labelNum>4){
+ dotCol=rainbow(labelNum)
+ }
+ for(i in 1:labelNum){
+   xlabel=c(xlabel,names(tab1) )
+ }
+ clinicalPvalVector=c()
+ for(i in colnames(rt[,(clinicalNum+2):ncol(rt)])){
+   rt1=rbind(expression=rt[,i],clinical=rt[,clinical])
+   rt1=as.matrix(t(rt1))
+   if(labelNum==2){
+     cliTest<-t.test(expression ~ clinical, data=rt1)
+   }else{
+     cliTest<-kruskal.test(expression ~ clinical, data = rt1)}
+   pValue=cliTest$p.value
+   stat=round(cliTest$statistic,3)
+   pval=0
+   if(pValue<0.001){
+   pval=signif(pValue,4)
+   pval=format(pval, scientific = TRUE)
+ }else{
+    pval=sprintf("%.03f",pValue)
+   }
+    clinicalPvalVector=c(clinicalPvalVector,paste0(stat,"(",pval,")"))
+    if(pValue<pFilter){
+    b = boxplot(expression ~ clinical, data = rt1,outline = FALSE, plot=F)
+    yMin=min(b$stats)
+    yMax = max(b$stats/5+b$stats)
+    n = ncol(b$stats)
+    outPdf=paste0(i,".",clinical,".pdf")
+    pdf(file=outPdf,width = 7,height = 5)
+    par(mar = c(4.5,6,3,3))
+    ylab=ifelse(i=="riskScore","Risk score","Gene expression")
+    boxplot(expression ~ clinical, data = rt1,names=xlabel,
+      ylab = ylab,main=paste0(i," (p=",pval,")"),xlab=clinical,
+      cex.main=1.4, cex.lab=1.4, cex.axis=1.3,ylim=c(yMin,yMax),outline = FALSE)
+    beeswarm(expression ~ clinical, data = rt1, col =dotCol, lwd=0.1,
+          pch = 16, add = TRUE, corral="wrap")
+    dev.off()
+    }
+ }
+ outTab=cbind(outTab,clinicalPvalVector)
+ }
Error in attr(groups, "names") <- names :
  'names'属性的长度[3]必需和矢量的长度[2]一样
> colnames(outTab)=c("id",colnames(rt[,2:(clinicalNum+1)]))
Error in names(x) <- value : 'names'属性的长度[8]必需和矢量的长度[1]一样
> write.table(outTab,file="clinicalCor.xls",sep="\t",row.names=F,quote=F)


关键词:Groups Error Group Names name 求助

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