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财政专项基金，是经国务院批准设立，用于支持企业技术创新的政府专项基金。金基窝指出，财政专项基金是通过拨款资助、贷款贴息和资本金投入等方式扶持和引导企业的技术创新活动，最终目的是促进科技成果的转化、加快高新技术产业化进程。
简单来说，财政专项基金与我们常常接触到的股票基金、债券基金、货币基金等供投资者投资的基金不同，它是政府为使中小企业在国民经济及社会发展的某些方面充分发挥作用而给予的财政援助，它不以盈利为目的、不供投资者投资，只是采用基金的管理方式。
金基窝指出，财政专项基金根据设立目的的不同主要分为以下两种类型：
一是专门用来鼓励中小企业产品创新和吸纳就业的，例如政府财政针对专项科技成果的研究与开发基金、产品采购基金、中小企业的创业基金、失业人口就业基金等等。
二是帮助中小企业降低市场风险的，例如风险补偿基金、特殊行业的再保险基金等等。
值得注意的是，财政专项基金不同于财政直接补贴，它有严格的管理要求，在基金设立之前就必须明确资金的数量、用途、对象、支付方式和补贴方式，用途主要为中小企业的新产品开发、新技术的应用提供贷款贴息和担保，为中小企业的社会公益性活动如城市环境治理、残疾人就业等提供直接资助。
由于专项两个字，不少投资者经常会把财政专项基金和专项资金两者混淆，对此，金基窝指出两者主要有以下不同：
1、作用不同：财政专项基金主要是用于支持企业技术创新的政府专项基金;而专项资金是有专门用途的资金，例如专门用于基础设施建设;
2、使用要求不同：财政专项基金在基金设立之前就必须明确资金的数量、用途、对象、支付方式和补贴方式，在设立之后原则上可以依法转让或采取合作经营的方式，要求降低;而专项资金在设立之初的要求较低，但是在设立使用时要求严格，必须专款专用，不能随意更改资金用途。
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