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除财政部、国家税务总局特殊规定之外，简易征收项目可开具增值税专用发票。自开票纳税人可自行开具增值税专用发票，小规模纳税人可向主管税务机关申请代开增值税专用发票。
目前财政部、国家税务总局关于不得开具增值税专用发票的简易征收项目的特殊规定有：
1.一般纳税人销售自己使用过的固定资产，凡根据财税〔2008〕170号和财税〔2009〕9号、财税〔2014〕57号等文件规定，适用按简易办法依3%征收率减按2%征收增值税政策的，应开具普通发票，不得开具增值税专用发票。
需要注意的是，根据国家税务总局公告2015年第90号的规定：纳税人销售自己使用过的固定资产，适用简易办法依照3%征收率减按2%征收增值税政策的，可以放弃减税，按照简易办法依照3%征收率缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。
2.小规模销售自己使用过的固定资产，应开具普通发票，不得由税务机关代开增值税专用发票。
3.纳税人销售旧货，应开具普通发票，不得自行开具或者由税务机关代开增值税专用发票。
4.一般纳税人的单采血浆站销售非临床用人体血液，可以按照简易办法依照3%征收率计算应纳税额，但不得对外开具增值税专用发票。
按照简易征收的项目，申报时需手工填入减征额。
如：A公司为一般纳税人，销售一台旧的机器设备，取得含税销售额10.3万，该设备为2008年12月购买，A公司按规定开具了增值税普通发票1张。
征收率为3%，销售金额100000元，应纳税额3000元，按2%征收增值税2000元，即减征额1000元。1000元应填入增值税申报表主表第23栏“应纳税额减征额”。
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