GraphPad Prism 9 已经更新了,新增功能不少,以前的一些bug也有修复。
本篇介绍一下关于新增功能的详细介绍,大家可以先了解下再决定要不要升级。
【新增功能】
01 主成分分析(PCA)
- 主成分分析是一种通过最大化每个新维度的方差将高维空间中的数据投影到低维空间中的方法,是一种用作探索性数据分析和建立预测模型的工具;
- PCA通常用于对群体之间的遗传距离和相关性进行分析和作图;
02 PCA生成的新图形类型
- 碎石图(Scree Plots):Scree图用于显示主成分分析(PCA)中标识的每个主成分(PC)的原始特征值;
- 分数图(Score Plots):分数图提供了一种在两个指定PC(通常以PC1为水平轴,以PC2为垂直轴)的新(缩小)维度空间中查看原始数据的方法;
- 载荷图(Loading Plots):载荷图提供了一种显示两个选定主成分系数的方法;
- 双标图(Biplots):双标图是分数图和载荷图的组合;
- 方差比例图(Propotion of Variance Plots):该类型图类似于上述的碎石图,但使用的解释风格略有不同;
03 多变量图(Multiple variables graphs)
用多变量数据表中的数据作图。
- 制作气泡图,其中符号大小有数字或分类变量编码(*气泡图采用半透明配色方案);
- 使用其它变量对符号颜色和连接线的外观进行编码;
- 所有这些选择都是在外观升级的全新“格式图(Format Graph)”对话框上进行;
04 估计图(Estimation Plots)
这是一种直观展示两样本比较检验(例如t检验)结果的图形。该图包含原始数据以及分析结果的总结,其目的是强调效应大小和置信区间的重要性,同时非只追求“显著性”的概念。
05 图形上的成对比较(Pairwise Comparison on Graphs)
这是在图形上自动生成的,它将用户数据与假设检验期间进行的成对比较的结果相结合(即,将显著性星标自动添加到图形中)。
[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]【有哪些功能改进?】
01 非线性回归
- 极大地提高了评估用户定义方程式的性能和准确性;
- 与其他任何参数一样,为微分方程定义XO;
- 创建5个残差图(包含新的实际与预测对比图 - Actual vs. Predicted Plot),之前的版本,每个分析只能生成一张图;
- 在NLR参数对话框的置信度(Confidence)标签中,对“不稳定的参数和模棱两可的拟合(Unstable parameter and ambiguous fits)”区域的选项,进行了重新排列和命名;
02 多元线性/逻辑回归分析
- 选择具有自动参考水平规范的分类自变量的模型;
- 指定基于数据的“自动”参考水平规范的方法(第一或最后一个级别,最频繁或最不频繁的级别);
- 通过MLR参数对话框的“参考水平”选项卡中的“定义分类顺序”选项,指定分类变量级别结果的顺序;
- 改进的模型控件(树形视图),可以更好地展示类别变量和交互;
- 对话框中的简化模型表示;
- 使用数据表中的数据或参数对话框(仅适用于多重线性回归)中每个预测变量的指定值,对结果变量(因变量)的值进行插值;
- 改进的相关矩阵输出,从而生成其结果的热图
03 多重双样本测试分析(多重t检验分析)先包括以下选项:
- 具有Welch矫正的多重非配对t检验;
- 多重配对t检验;
- 多重比率 - 配对(ratio-paired)t检验;
- 多重非参数非配对的Mann-Whitney检验;
- 多重非参数配对的Wilcoxon检验;
- 多重非参数非配对的Kolmogorov-Smirnov检验
04 行统计(Row Statistics)分析
- 允许计算嗲有自定义置信区间水平的均值;
- 允许计算带有“无误差”、“四分位数”、“最大/最小”、“百分位数”的中位数;
- 允许计算带有“无误差”、“几何标准差”、“置信区间”的几何均数;
05 双因素方差分析(Two-way ANOVA):仅含主效应模型
- 在双因素方差分析中,对重复测量数据,允许使用仅含主效应模型(无交互作用项);
- 在双因素方差分析中,对仅含主效应模型,允许缺失因子水平组合;
- 对于无重复的双因素方差分析,不允许进行“简单效应”多重比较;
- 使用分析常量名称。而不是值生成带有链接参数来设置标准转换的默认标题;
- 在“参数:非线性回归”对话框的“置信度”选项卡中将默认值选项更改为“不稳定”;
- 更新了可在多变量表上执行的分析行为,以正确处理不同的变量类型;
- 创建相关矩阵时,请选择忽略所有缺少值或排除指的行。选择此项后,矩阵中的所有相关系数均从同一组行计算得出;
- 允许使用“选择和转换”分析,在绿色的多变量结果表中定义变量的类型;
- (Mac)添加了警告:“您正在尝试分析单列。如果要执行单样本t检验,清使用一个样本t检验(one sample t)和Wilcoxon检验进行分析。t检验需要两组数据(均在Y列中;X列将被忽略)”
【有哪些非数学功能的改进?】
01 新的数据表列数上线
- 提升到1024个数据集[字母A到AMJ]和512个子列的数据表限制;
- 提升了图形数量上限,可以绘制1024个数据集;
02 多变量数据表
- 在Prism的多变量数据表中支持文本变量;
- 在Prism的多变量数据表中实现了定义变量类型的功能;
03 特殊符号和Unicode
- 在“插入”主菜单中添加了“Character>Unicode Symbols...”命令,该命令将打开标准系统“字符映射”对话框,并允许输入更多种类的特殊符号;
- (Windows)升级了Prism的“插入字符(Insert Character)”对话框,并用兼容Unicode的字符替换了将Symbols字体用于希腊语/数学/欧洲字符的就方法,从而实现了跨平台和第三方应用程序的无缝兼容性;
04 其它
- 在右键单击任何工作表(Sheet)类型(包括图形和布局)时,将看到“导出(Export)”命令添加到在导航器中打开的上下文菜单中;
- 如果删除生成图形的父分析,Prism也会删除对应的图形;但当分析将曲线添加到现有数据的图形时,Prism不会删除该图形;
- 在“更改(Change)”主菜单中命令“选择配色方案...“更改为“配色方案>”,并打开显示相同内容的子菜单,但背景、绘图区域和【气泡图】的轴除外;
- 在主菜单的“更改>配色方案”和工具栏的“更改颜色”下拉菜单中,添加了具有半透明配色方案的新区域;
- 根据数据表和结果表绘制的图形,对该图形或图形上数据点进行格式设置:(Windows)在数据表机器带有条形的散点分组图中,通过“格式点(Format Points)右键快捷菜单,可以对条形、误差条和线条格式进行设置:
- (Windows)在数据表及其散点分组图中,通过“格式点(Format Points)”右键快捷菜单,可以对柱子、误差条和线条格式进行设置;
- (Windows)在数据表机器小提琴图中,通过“格式点(Format Points)”右键快捷菜单,可以对线条和“四分位数”格式进行设置;
- (Windows)在叠加散点图的数据表,通过“格式点(Format Points)邮件快捷菜单,可以对误差条和先调格式进行设置;
- (Windows)在绿色结果表中,可对其对应图形的数据点格式进行设置;(Windows)在数据表中,通过“格式点(Format Points)”右键快捷菜单,可以对小提琴图中选择的符号的格式及进行设置;
- (Windows)在仅有小提琴图的图中,可以通过邮件快捷菜单,设置方向为【反方向】;
- (Mac)在由均值和中位数的数据表生成的图中,可以通过“格式点(Format Points)”右键快捷菜单的线条设置区域,对数据点进行设置;
- 从“欢迎”对话框,到示例数据文件的浮动注释,URL已更新指向“Prism9用户指南”(而不是早期版本的指南);
- (Windows)Prism现在可以将Excel中的“True”或“False”布尔值(boolean value)分别作为“1”和“0”导入Prism的多变量数据表中;
- (Windows)在Family导航器面板中打开的“删除工作表”对话框中,Prism将显示Family中的所有工作表;
- (Windows)将系统要求更新为Windows7。添加了当Prism在Vista上启动时提示更新Windows的警告;
- (Mac)删除了以下数据表中每个单独列顶部的“Y”标签:列表/分组表/列联表/多变量表/整体部分数据表;
- (Mac)Prism会记住上一次使用的窗口大小,并将其用作新窗口的默认大小;
- (Mac)在“整体部分图(Part of Whole)”中,在“修改(Change)”区域和右键快捷菜单中启用了“反向类别顺序”命令;
- (Mac)在“整体部分图(Part of Whole)”中,在“修改(Change)”区域和右键快捷菜单中,将“反向数据集顺序”名称修改为“反向类别顺序”;
【更多性能改进?】
- (Windows)使用残差计算将Fit Spline/LOWESS分析性能提高了约10倍;
- (Windows)将“简单逻辑回归”分析性能提高了1.5倍以上;
- (Windows)将“转换(Transform)”分析性能提高了约4倍;
- (Windows)将“修剪行(Prune rows)”分析性能提高了约3倍;
- (Windows)将模拟具有大量数值和重复测量值的XY数据的性能提升超过10倍;
- (Windows)当源数据包含大量的行时,切换到分组图形表的性能提升超过3倍;
- (Windows)略微提高了“规范化(Normalize)”分析的性能;
- (Windows)当源数据表多次包含与其他分析链接的数据时,数倍改进了“Monte-Carlo”分析性能;
- (Mac)将“转换(Transform)”分析性能提高了约2.5倍;
- (Mac)将“修剪行”分析性能提高了10倍以上;
- (Mac)改进了当源数据包含大量的行时,切换到分组图工作表的性能提高了超过2倍;
- (Mac)将“规范化(Normalize)”分析性能提升了5倍以上;
【基础架构有哪些变化?】
- (Windows)Prism9仅支持64位Windows,不支持Windows 32位版本;
- (Mac)Prism9支持macOS 10.12(Sierra)或更高版本;
【已修复的分析错误?】
- 修复了对大数据使用t检验时,执行提取和重新排列分析时发生的崩溃问题;
- 修复了在使用特殊的不当语法,尝试执行自定义方程式分析时的崩溃问题;
- 修复了在单因素方差分析结果表中,如果未对所有的数据集进行分析,“分析的数据集”行中列字符显示错误的问题;
- (Windows)修复了使用“绘制一个函数(Plot a function)”分析时,在取消勾选“绘制一阶导数”选项后,结果表显示为空的问题;
【已修复的图形错误?】
- 修复了条形图上某些条形,在应用与所有数据集的图案填充时,填充丢失的问题;
- 修复了在“定义配色方案”对话框的“数据集”部分中选择了“全部”选项时,颜色设置未应用于图形的问题;
- 修复了在分组散点图中,如果源数据表包含大量的行,一些数据点超出坐标轴范围的问题;
- 修复了在“格式图”对话框中选择了“散点图”或者“对齐点图”选项后,“中心位数”会意外地变为“均值”的问题;
- 修复了克隆图形并更改数据表格式以显示误差值后,派出的X值属性有时丢失的问题;
- 修复了在执行“应用数据集格式”上下文命令后,无法使用数据表上的“格式点”右键快捷菜单来格式化XY图上的数据点的问题;
- (Windows)修复了当尝试格式化图形中的单个小提琴图时,它会意外更改整个数据集的所有小提琴图的问题;
- (Windows)修复了在分组图上添加新数据并单击X轴,如果条形不显示,则行标题在分组图上损坏的问题;
- (Windows)修复了对2个带星号的图形括号执行“组合”命令后,图形从工作表中消失的问题;
- (Windows)解决了在图形中添加另一个阴影后,自定义轴线之间的阴影丢失的问题;
- (Windows)修复了复制图形族(Family)后结果图形上的点为保留颜色格式的问题;
- (Mac)修复了如果第二个条形图的值设置为零时,交错图上的条形图重叠的问题;
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