在GEO数据下载的单个测序文件用R语言合并成矩阵输出文件的时候命令报错

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大家好，小白最近在做用R语言合并GEO数据下载的单个测序文件成矩阵，

在输入命令outTab=outTab[,seq(1,ncol(outTab),2)]时报错

Error in seq.default(1, ncol(outTab), 2) : wrong sign in 'by' argument，请问是啥意思啊？

谢谢大家~

全部命令如下：

library(limma)     #引用包

geneCol=2          #基因名称列号

expCol=6           #表达数据列号

setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\asthmadata")   #设置工作目录



#读取目录下的文件

files=dir()

files=grep(".txt$",files,value=T)



geneList=list()

expList=list()

for(i in files){

        if(i=="expMatrix.txt"){

                  next

        }

        #读取文件,并对输入文件整理

        sampleName=i

        sampleName=gsub("\\.txt","",sampleName)

        rt=read.table(i,sep="\t",header=T,check.names=F)

        rt=rt[,c(geneCol,expCol,expCol)]

        rt=as.matrix(rt)

        rownames(rt)=rt[,1]

        exp=rt[,2:ncol(rt)]

        rowNames=rownames(exp)

        colNames=colnames(exp)

        dimnames=list(rowNames,colNames)

        data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)

        data=avereps(data)

        colnames(data)[1]=sampleName

        geneList[[sampleName]]=row.names(data)

        expList[[sampleName]]=data

}



#数据合并

interGenes=Reduce(intersect,geneList)

outTab=data.frame()

count=0

for(j in names(expList)){

        count=count+1

        matrix=expList[[j]]

        if(count==1){

                  outTab=matrix[interGenes,]

        }else{

                  outTab=cbind(outTab,matrix[interGenes,])

        }

}



#输出结果表格

outTab=outTab[seq(1,ncol(outTab),2)] ##这里出错

out=cbind(ID=row.names(outTab),outTab)

write.table(out,file="expMatrix.txt",sep="\t",quote=F,row.names=F)



outTab=outTab[seq(ncol(outTab),1,2)]







附件里是读取文件

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关键词：数据下载 GEO R语言 intersect argument