ggplot中stat_ellipse添加置信区间，怎么使椭圆内有填充色

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如题，想让绿环变半透明的绿椭圆


p3 = ggplot(sample.score, aes(p1, o1, color = age)) +
#添加线条
  geom_hline(yintercept = 0, linetype = 'dashed', size = 0.5) +
  geom_vline(xintercept = 0, linetype = 'dashed', size = 0.5) +
  geom_point() +
#ggrepel包添加散点标签
  geom_text_repel(aes(p1, o1,label = rownames(sample.score))) +
  labs(x = 'Tp',y = 'To') +
#置信椭圆
  stat_ellipse(level = 0.95, linetype = 'solid',
               size = 1, show.legend = FALSE) +
  scale_color_manual(values = c('#008000','#FFA74F')) +
  theme_bw() +
  theme(legend.position = c(0.9,0.85),
        legend.title = element_blank(),
        legend.text = element_text(color = 'black',size = 12,face = 'plain'),
        panel.background = element_blank(),
        panel.grid = element_blank(),
        axis.text = element_text(color = 'black',size = 15,  face = 'plain'),
        axis.title = element_text(color = 'black',size = 15,  face = 'plain'),
        axis.ticks = element_line(color = 'black'))

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关键词：ellipse gplot 置信区间 plot lips

主要是修改stat_ellipse那里，给你个例子

1. ggplot(faithful, aes(waiting, eruptions, color = eruptions > 3, fill = eruptions > 3)) +
   
2.   geom_point() +
   
3.   stat_ellipse(type = "norm", geom = 'polygon', alpha = .3, linetype = 'dashed')

复制代码

owenqi 发表于 2021-5-24 22:43
主要是修改stat_ellipse那里，给你个例子

可能我没有举一反三
我理想的结果是绿环变半透明绿圈，黄环变半透明黄圈
看了stat_ellipse {ggplot2}的帮助文档也没有get

Laura1020 发表于 2021-5-26 22:50
可能我没有举一反三
我理想的结果是绿环变半透明绿圈，黄环变半透明黄圈
看了stat_ellipse {ggplot2}的 ...

我给你的例子不就是你所谓的半透明椭圆吗？

owenqi 发表于 2021-5-27 10:05
我给你的例子不就是你所谓的半透明椭圆吗？

老师请问 我输入了你提供的代码，为什么椭圆置信区间的色彩部分正常，但看不到边框呢？修改很多次也没有解决问题麻烦了
autoplot(pca1, data = iris, col= "Species", size=2, shape = "Species",
loadings = TRUE, loadings.colour ='blue',
frame = FALSE,
loadings.label = TRUE, loadings.label.size =3,
label = FALSE, label.size = 3, axes = F) +stat_ellipse(aes(fill=iris$Species), type = "norm", geom ="polygon", alpha=0.2, level=0.95, show.legend = FALSE, linetype = 'dashed', size=3)+geom_hline(yintercept = 0 , linetype = 'dashed', size = 0.5) +
geom_vline(xintercept = 0 , linetype = 'dashed', size = 0.5) +
scale_x_continuous(limits = c(-0.2, 0.2), breaks=seq(-0.2, 0.2, 0.1))+
scale_y_continuous(limits = c(-0.3, 0.3), breaks=seq(-0.3, 0.3, 0.15)) + theme(panel.border = element_blank(), axis.ticks.length=unit(-0.18, "cm"))

owenqi 发表于 2021-5-27 10:05
我给你的例子不就是你所谓的半透明椭圆吗？

在老师的基础上，添加了一些细节，就可以达到线条+置信椭圆填充的效果了
附代码（大家可以粘贴使用，记得把数据改成自己的名字），注意在置信区间中，要写fill=以及color=，保证线条和填充都会显示正常：
theme_set(theme_bw())
autoplot(pca1, data = iris, col= "Species", size=2, shape = "Species") +stat_ellipse(aes(fill=iris$Species, color=iris$Species), geom ="polygon", type = "norm", alpha=0.2, level=0.95, show.legend = FALSE, linetype = 'dashed', size=1)+geom_hline(yintercept = 0 , linetype = 'dashed', size = 0.5)+
geom_vline(xintercept = 0 , linetype = 'dashed', size = 0.5) +
scale_x_continuous(limits = c(-0.2, 0.2), breaks=seq(-0.2, 0.2, 0.1))+
scale_y_continuous(limits = c(-0.3, 0.3), breaks=seq(-0.3, 0.3, 0.15)) + theme(panel.border = element_blank(), axis.ticks.length=unit(-0.18, "cm"))
我的代码tick是向内的（负数）