对CITE_PBMC数据实施Wilcoxon测试，来进行差异表达分析。

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如何对CITE_PBMC数据通过在 Seurat 中实施的 Wilcoxon 测试，通过 CD4 和 CD8 基因的差异表达分析来鉴定簇。我现在有CITE_PBMC_counts_top2000.h5的数据(R加载后，如下图一所示)，想呈现可视化CD8和CD4蛋白水平 和 RNA簇上蛋白质水平(具体如下图二和图三所示)。但我刚接触该类型数据和R语言，有以下几个问题，希望大神能指点一下：1. 具有最显着高表达的 CD4 和 CD8 mRNA 的簇分别标记为 CD4 和 CD8 T 细胞，该如何根据h5数据来确定CD4 和CD8的T细胞？


2. https://www.jianshu.com/p/e19e76d44287 参考提供的链接(图三为该链接中的RNA簇蛋白质水平可视化图)，但是不知道该如何注释当前的数据。

请大神指教！十分感谢！

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关键词：wilcoxon wilcox CITE CIT Cox

这个太专业了，seurat官网有教程的.

llb_321 发表于 2021-10-28 21:31
这个太专业了，seurat官网有教程的.

大神一句话，菜鸟少十年。感谢大神回复，我本人也初接触这个方向。那请问大神能否提供下Seurat官网上有关的链接吗？或者指点下如何确定CD8和CD4细胞。十分感谢！！