基于马铃薯转录组数据的病毒组装软件比较

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1 论文标题：基于马铃薯转录组数据的病毒组装软件比较

2 作者信息：涂 振#, 钟子旸#, 孟繁烨, 李佳炜, 余 涛, 郑经涛, 夏军辉, 聂碧华*：华中农业大学园艺林学学院，湖北 武汉 ；邹 莹：恩施州农业科学院，湖北 恩施；张 舒*：湖北省农业科学院植保土肥研究所，湖北 武汉

3 出处和链接：涂振, 钟子旸, 孟繁烨, 邹莹, 李佳炜, 余涛, 郑经涛, 夏军辉, 张舒, 聂碧华. 基于马铃薯转录组数据的病毒组装软件比较[J]. 计算生物学, 2022, 12(3): 40-48. https://doi.org/10.12677/HJCB.2022.123006
4 摘要：随着高通量测序技术的成熟和成本的降低，转录组数据呈现爆发式增长。转录组数据中除了包含寄主马铃薯自身的转录本以外，还可能包含寄主受到RNA病毒侵染而带来的病毒序列信息，因此可以低成本地从转录组数据中进行病毒基因组挖掘。本研究通过比较SOAPdenovo、IDBA-UD、Trinity 三种主流软件对RNA-seq数据的组装效果，发现Trinity软件组装得到的结果中序列信息最丰富，且长序列最多，但组装过程耗时较长；相对而言，SOAPdenovo和IDBA-UD耗时较短，但组装结果中序列信息较少且长序列较少，所以推荐使用Trinity软件进行基于转录组数据的病毒基因组组装。

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关键词：软件比较 马铃薯 Trinity 华中农业大学 农业科学院

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