出生前后仔猪肺脏组织的转录组分析和lncRNA鉴定

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出生前后仔猪肺脏组织的转录组分析和lncRNA鉴定
肺脏是包括人类在内的许多动物进行呼吸活动的主要器官,从出生前到出生后,肺脏组织从长期所处的相对稳定的子宫环境在很短时间内转换到外环境中,肺脏由出生前的“休眠”状态转换为出生后的“工作”状态,成为动物体进行呼吸作用的主要场所。目前,对出生前后肺脏组织的研究大都停留在生理指标、细胞形态等表型层面。
本研究以猪为动物模型,利用转录组测序的手段研究出生前24小时和出生后48小时两个时间点仔猪肺脏组织的变化,结果如下:(1)出生前后,仔猪肺脏组织的形态发生了较为明显的变化,例如出生后肺脏组织的囊泡(未来的肺泡)相对出生前其形状更为平滑,且分布相对更为密集。(2)本研究对出生前后的肺脏组织共6个样本进行了 RNA-seq测序,通过测序共产生92.58Gb原始数据(Raw data),经过过滤总共得到86.46Gb的高质量数据(Cleandata),平均76.21%的Cleanreads可以比对(Map)到猪的参考基因组上。
(3)6个测序文库共鉴定出了 16,509个mRNA转录本以及18,416个LncRNA转录本。鉴定出的LncRNA的外显子 ...

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关键词：NCR Clean Reads Lean Data