求助R语言如何运算permutation test

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原始数据
HAPLOTYPE CASEFREQUENCE CONTROLFREQUENCE
   1        0.412027 0.421346
   2        0.206045 0.233228
   3        0.349419 0.296320
   4        0.032509 0.049106


R语言运算Permutation test

dat=as.matrix(read.table(textConnection('X1 X2)
1  0.412027 0.421346
2  0.206045 0.233228
3  0.349419 0.296320
4  0.032509 0.049106
')))
d=rep(c(1,-1),each=1)
obs=drop(dat%*%d)
perms=replicate(99,dat[,sample(2)]%*%d)
> (nominal.p.value=rowMeans(abs(cbind(obs,perms))>abs(obs)))
想重复100次，得出P为什么结果都是0。 求助高手指点。谢谢！

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关键词：Permutation Mutation 求助R语言 ATION test 数据 如何

我每次都自己编。。。

a<-c(24,43,58,67,61,44,67,49,59,52,62,50,42,43,65,26,33,41,19,54,42,20,17,60,37,42,55,28)
group<-factor(c(rep("A",12),rep("B",16)))
data<-data.frame(group,a)
find.mean<-function(x){
mean(x[group=="A",2])-mean(x[group=="B",2])
}
results<-replicate(999,find.mean(data.frame(group,sample(data[,2]))))
p.value<-length(results[results>mean(data[group=="A",2])-mean(data[group=="B",2])])/1000
hist(results,breaks=20,prob=TRUE)
lines(density(results))