楼主: burry888
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[问答] 用rpart包做classification tree,总是做不出来tree啊,只有root是怎么回事啊? [推广有奖]

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burry888 发表于 2012-8-20 20:05:50 |AI写论文

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求教各位大侠了,这个分类树要把我折磨死了,怎么做都做不出来。
首先我先summary一下我的dataset
> summary(DataCom1)
BMI_30          C_CTE      Current_smoking     Diabetes       EVER_CAD               FIBR               
0:1488          0:1612             0:1250             0:1525        Min.   :0.000       Min.   :1.700         
1: 354           1: 230              1: 592              1: 317       1st Qu.:1.000     1st Qu.:3.200      
                                                                                        Median :2.000     Median :3.600                  
                                                                                        Mean   :1.915      Mean   :3.657                  
                                                                                       3rd Qu.:3.000      3rd Qu.:4.000                  
                                                                                        Max.   :3.000        Max.   :8.400                  

      KARB                   LPK         MTHFD105average     NAA_CAD          NeoptaverageD0        pCreataverageD0        
Min.   : 1.900       Min.   : 2.900          0:615                  0:197              Min.   : 3.274             Min.   : 38.30            
1st Qu.: 5.000   1st Qu.: 5.800          1:883                  1:524            1st Qu.: 6.458          1st Qu.: 64.80           
Median : 6.000   Median : 6.900          2:344                 2:494            Median : 7.772          Median : 73.80           
Mean   : 6.223   Mean   : 7.164                                      3:627            Mean   : 8.639           Mean   : 75.44         
3rd Qu.: 7.100   3rd Qu.: 8.200                                                         3rd Qu.: 9.732           3rd Qu.: 83.70        
Max.   :27.400   Max.   :18.000                                                            Max.   :44.340            Max.   :265.00              

      RI_HK           RI_HT            spFolateaverageD0     SY_ANDRE       Gender       PE_ALDER  
        0: 662          0:952             Min.   : 2.420              0:1641         1:1455        Min.   :28.0
        1:1073          1:884          1st Qu.: 7.356              2:  93           2: 387        1st Qu.:56.0                                                                                                
        9:  90                                Mean   :12.359               :  18                              Mean   :62.2  
                                                 3rd Qu.:14.540             7:  17                             3rd Qu.:70.0   
                                                   Max.   :91.520             3:  16                            Max.   :87.0
                                                                            (Other) :  15  


我的code 如下:
NameTable1<-c("Gender","PE_ALDER","MTHFD105average","BMI_30","RI_HT",
                          "Diabetes","Current_smoking","NAA_CAD","SY_ANDRE",
                          "EVER_CAD","RI_HK","FIBR","spFolateaverageD0","LPK","pCreataverageD0",
                          "NeoptaverageD0","KARB","C_CTE")
NewData1<-wenbit[,is.element(names(wenbit),NameTable1)]
DataCom1<-na.omit(NewData1)
trait<-DataCom1$C_CTE

round(apply(is.na(DataCom1),2,sum)/dim(DataCom1)[1],3)
require(rpart)
ClassTree<-rpart(trait~gender+age+geno+bmi+hypertension+diabetes+cur_rok+nocad+ander+
                          evercad+hk+fibr+folate+lpk+creat+neop+karb,DataCom1,control=rpart.control(minsplit=1))
ClassTree
plot(ClassTree)
text(ClassTree)


悲剧的是我只得到了这么个结果:
n= 1842
node), split, n, loss, yval, (yprob)
      * denotes terminal node
1) root 1842 230        0 (0.8751357 0.1248643) *

> plot(ClassTree)
Error in plot.rpart(ClassTree) : fit is not a tree, just a root


想问下为什么我的code里有什么问题,或者数据结构有什么问题,为什么做不出来更多的split呢?这个问题真心困扰我一个月了啊……跪谢!


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关键词:cation ATION rpart Tree CATI

沙发
beo56 发表于 2012-11-19 11:20:40
你问题解决了吗???我也碰到这个问题了。。。。。

藤椅
snakepointid 发表于 2015-6-19 16:45:50
看了一下你的代码,没有什么问题,可能是本来你的数据就没有办法进行分类。

板凳
snakepointid 发表于 2015-6-19 16:47:02
看了一下你的代码,没有什么问题,可能是本来你的数据就没有办法进行分类。

报纸
frody 发表于 2016-1-8 14:57:14
可能是数据量太少了,模型里价格minsplit=5试试看

地板
万人往LVR 在职认证  发表于 2016-1-8 15:26:18
rpart(ifdelay~.,data=tempdata,control=rpart.control(minbucket=100,cp=0.001))

调整minbucket与cp

7
3生石 在职认证  发表于 2016-7-3 20:12:00
遇到同样的问题,一直无法解决,应该不是数据的问题,但code也没有问题呀,太纠结了

8
yqdyp0611 发表于 2017-8-10 17:31:19
万人往LVR 发表于 2016-1-8 15:26
rpart(ifdelay~.,data=tempdata,control=rpart.control(minbucket=100,cp=0.001))

调整minbucket与cp
请问一下打印出来的yval怎么解释呢?

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