楼主: chris1998
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[实际应用] 新手求助:关于Fisher's exact计算的一个问题 [推广有奖]

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chris1998 发表于 2013-3-7 10:01:55 |AI写论文

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这两天在看一篇论文,文中用到了Fisher's exact p值的计算。作者给的原始数据是(14,8606,21,10197659),计算出的p值是2.12E-34。由于我学R没有多长时间,便试着在R 2.15.2中再次验算,居然算出结果是2.2E-16。我觉得这两个结果之间差距太大了,于是请教了一个师兄,他也说不清楚为什么。还请各位大大给帮忙解释解释啊!
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关键词:Fisher exact 新手求助 Fish fis 计算

沙发
chris1998 发表于 2013-3-7 17:23:14
怎么没人理我啊?拜托潜水的高手冒个泡给解释一下到底是怎么算的啊!

藤椅
chris1998 发表于 2013-3-9 14:35:36
希望大家帮我看看啊

板凳
ywh19860616 发表于 2013-3-9 16:05:27
楼主,你应该告诉别人你用的是什么代码?
这样才能更好的验证还有,看作者原文章上写的用哪个软件运行的?
> challenge.df = matrix(c(14,8608,21,10197659), nrow = 2)
> fisher.test(challenge.df)

        Fisher's Exact Test for Count Data

data:  challenge.df
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
  368.2732 1600.0000
sample estimates:
odds ratio
  798.1286
里面还有一些参数可以调整,你可以试试,我用2.14算出来也是。

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/fisher.test.html



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报纸
sein_tao 发表于 2013-3-10 11:51:05
这个只是在输出 summary时的显示问题, p-value < 2.2e-16 跟p值是2.12E-34 不矛盾哈。
直接看真实的p值就可以了。

> fisher.test(matrix(c(14,8608,21,10197659), nrow = 2))

        Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(14, 8608, 21, 10197659), nrow = 2)
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is not equal to 1
95 percent confidence interval:
  368.2732 1600.0000
sample estimates:
odds ratio
  798.1286

> tmp <- .Last.value
> tmp$p.value
[1] 2.128486e-34

地板
chris1998 发表于 2013-3-10 19:26:58
谢谢sein_tao的答复。再请教:你说的那个“真实的p值”是什么意思啊?

7
shopping220 发表于 2014-4-23 12:42:09
楼主,您好!
我是最近刚开始看费谢尔精确检验,我想问一下您的四个数字(14,8606,21,10197659)代表的是四格表中哪些数字啊

是(a,b,c,d)还是(a,M,K,N)啊

8
chris1998 发表于 2014-4-23 16:04:27
前面一个啊

9
shopping220 发表于 2014-4-24 12:06:16
谢谢啊,因为昨天看见一个基于matlab的费谢尔精确检验fexact.m输入的是(a,M,K,N),所以问问

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龙御沧海2014 发表于 2018-5-3 10:34:48
请问有没有其他方法查看真实的p值

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