楼主: wangying2121
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[学习分享] 使用ggplot2绘制火山图 [推广有奖]

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wangying2121 发表于 2013-5-27 18:26:27 |AI写论文

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我使用ggplot2绘制火山图遇到问题,我想将abs(logFC)>1&p<0.05的点用其他的颜色绘制,
这是我的命令
data$threshold = as.factor(abs(data$logFC) > 1
                     &data$p..Corr.< 0.05)
g=ggplot(data,aes(x=data$logFC,y=-log10(data$p..Corr.)),colour=threshold)
         g+geom_point(alpha=0.4,size=1.75)+
         theme(legend.position = "none")+xlim(c(-5,5))+ylim(c(0,6))+
         xlab("log2 fold change")+ylab("-log10 p-value")
我对这个data$threshold = as.factor(abs(data$logFC) > 1
                     &data$p..Corr.< 0.05)存在疑问,貌似这个没有起作用,我不知道该怎样调整.

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关键词:ggplot2 gplot plot GPL Threshold change 我不知道

沙发
DM小菜鸟 发表于 2015-1-9 17:15:09
as.factor()里面的格式不对
abs(data$logFC) > 1
&data$p..Corr.< 0.05
你看看这个print出来是啥
还是我没太看明白......

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