[求助]如何用R打开cel文件

我想问一下。虽然都是cel文件，与所用的芯片类型有没有关系？

抱歉,应该是我"路径"笔误了.

两者都行:

setwd('D:\\Program Files\\R\\R-2.6.0\\library\\affydata\\celfiles')

setwd('D:/Program Files/R/R-2.6.0/library/affydata/celfiles')

错误于read.affybatch(filenames = l$filenames, phenoData = l$phenoData,  :
  Cel file D:/Program Files/R/R-2.6.0/library/affydata/celfiles/S0_12H_A.cel does not seem to be of HG-U133A type

不知道是不是我下载的cel文件不被支持，HG-U133A type是什么类型的？

1.上回谈到由GEO下载的GSE5617 series

  我存放 c:\test

  CDF是使用ATH1-121501

2.而在package "affydata" 的binary.cel text.cel

  我存放c:\test1

  CDF是使用 HG-U133A

3.若将两种使用不同CDF的.CEL files

  放再同一个folder, 就会发生你说的那种情况:

  Cel file c:/test1/GSM131177.CEL does not seem to be of HG-U133A type

4.所以若你不清楚使用哪个CDF

  建议你单独将"S0_12H_A.cel"放在一个folder

  让程序自动抓.

 

 

 

 

刚试安装 old version R-2.3.1

的确就可使用user interfaces(Package: tkWidgets)

也就是底下程序可运行

Data <- ReadAffy(widget=TRUE)

[此贴子已经被作者于2007-11-18 18:27:01编辑过]

我另外建了一个文件夹，结果如下：

> mydata <- ReadAffy()
> eset <- rma(Data)
Background correcting
Normalizing
Calculating Expression

第一次接触R，有很多不明白的，谢谢您的热心帮助。希望有机会能够跟您多学习一下。

1.你已成功的运用ReadAffy()创建了

  An AffyBatch object called mydata

2.也成功的运用rma(),produce expression values

  Preprocessing-step就是

  (Background correcting,Normalizing,Calculating Expression)

  常用的expression measures有

  eset.rma=rma(mydata)

  eset.gcrma=gcrma(mydata)

  eset.mas5=mas5(mydata)

3.接着就看你的研究需要,继续做

  Quality assessment

  Statistical analysis

  Analysis of Differential Gene Expression

  ........

4.建议你先参考各个package 的user guide例如

  C:\Program Files\R\R-2.6.0\library\affy\doc\affy.pdf

  并跟着演练,很快就进入状况!

好的，我会继续努力的，再次感谢您！