[求助]如何用R打开cel文件

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基因芯片原始数据是cel文件，相通过R和bioconductor来处理，但不知道如何将cel文件打开？能否告知？谢谢！

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关键词：cel 如何用 Bioconductor conduct 基因芯片 文件 cel

#Move your CEL files into your working directory and

#make sure that the corresponding CDF library for

#your chips is available on your system.

#the current working directory is shown by getwd()

#and may be set using setwd()

library(affy)        # Loads the affy package.

mydata <- ReadAffy() # Reads all *.CEL (*.cel) files

# or

mydata <- ReadAffy(widget=TRUE) # Opens file browser to

                              select specific CEL files.

我用了这种方法，但是每次都出现一下的错误信息：

载入需要的程辑包：tkWidgets
载入需要的程辑包：widgetTools
载入需要的程辑包：tcltk
载入Tcl/Tk接口... 完成
载入需要的程辑包：DynDoc
错误于read.AnnotatedDataFrame(widget = TRUE) :
  Sorry: tkWidgets support is not available for read.AnnotatedDataFrame
其中有一个程序包：tcltk我没有安装外，还没有找到在哪个（biocsoftware，bioc annoation等），其他的都安装了，不知道是怎么回事？。我用的是windows版的。

我现在把所有有用的软件包都装了之后，还是打不开，出现的提示是：

错误于read.AnnotatedDataFrame(widget = TRUE) :
  Sorry: tkWidgets support is not available for read.AnnotatedDataFrame

到底是怎么一回事？

我只有cel文件。用的是别人的数据。你提到的：corresponding CDF library 是指的什么library？我如何导入到电脑里？

以下是引用yiyo900在2007-11-13 19:51:00的发言：

#Move your CEL files into your working directory and

#make sure that the corresponding CDF library for

#your chips is available on your system.

#the current working directory is shown by getwd()

#and may be set using setwd()

library(affy)        # Loads the affy package.

mydata <- ReadAffy() # Reads all *.CEL (*.cel) files

# or

mydata <- ReadAffy(widget=TRUE) # Opens file browser to

                              select specific CEL files.

这是我的操作过程。

用下面两种数据都可,

但.cel files要放在 c:\celfiles folder 内.

记得要连上网络,才能自动安装＇xxxxxcdf＇

1)GSE5617 series

 http://bioinfo.ucr.edu/%7Etgirke/HTML_Presentations/Gen240B/2007/Homework/CEL.zip

2)C:\Program Files\R\R-2.6.0\library\affydata\celfiles

############

library(affy)

setwd('c:/celfiles')

#Read in the data and create an expression,using RMA for example.

Data <- ReadAffy()  ##read data in working directory

eset <- rma(Data)

#Exporting data from 'ExpressionSet' objects

write.exprs(eset, file="mydata.txt")

 

 

我把cel文件全部放到celfiles之后，按照你说的操作，还是出现问题。

1.依你存放文件的位置:

  library(affy)

  setwd(｀D:/Program Files/R/R-2.6.0/library/affydata/celfiles＇)

  Data <- ReadAffy('SO_12H_A.cel')  ##read data in working directory

  eset <- rma(Data)

  write.exprs(eset, file="mydata.txt")

2.由于Bioconductor需要安装的package,实在太多,太大,

  为节省hard disk空间,我并没安装user interfaces(Package: tkWidgets)

  不过这个的确存在问题,

  建议先不要使用ReadAffy(widget=TRUE)

  请看这个帖的讨论:

  https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2007-September/019248.html

[此贴子已经被作者于2007-11-17 8:10:43编辑过]

首先感谢您的热心帮助。

我安装的是R2.6的版本。bioconductor是通过网络安装的，应该是最新版本的吧，现在按照您说的操作。它说找不到我指定的文件，就觉得很奇怪了，我明明把它存放在那里的。