江湖救急：如何替换R数据集中的观测值

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数据集是一个基因型数据。每一行都有3中基因型两个纯合子，一个杂合子。如AA、AG、GG或者是CC、CG、GG我想把AA、CC替换为0，AG、CG替换为1、GG替换为2。每一行观测都是只有三种可能即两个纯合子、一个杂合子，纯合子的类型不同。改如何写程序呢？多谢指教！数据结构如图所示

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关键词：江湖救急 数据集 观测值 如图所示 三种可能 基因型 如图所示 江湖 如何 程序

x <- data.frame(v1 = c("AG", "AA", "GG"), v2 = c("CC", "CG", "AG"), v3 = c("GG", "AG", "AA"))
x <- as.matrix(x)
x[x %in% c("AA", "CC")] <- 0
x[x %in% c("AG", "CG")] <- 1
x[x %in% c("GG")] <- 2
class(x) <- "numeric"

qoiqpwqr 发表于 2014-5-4 01:55
x

谢谢大神！很给力啊，一下就出来了。但是还有个问题，因为AA与CC要替换的值也不同啊，该怎么修改呢？因为杂合的类型一共有AC、AG、AT、CG四种，他们的赋值都是1。就是相同两个会弄混，数据集的每一行都只有3种观测如AA、AC、CC，就是要把AA、CC也赋不同值。每一行的观测值都只有AA、AC、CC和AA、AG、GG以及CC、CG、GG或者是AA、AT、TT。每一行的纯合子要分开即0或2，可是直接赋值的话会有交叉AA、AC、CC和AA、AG、GG以及CC、CG、GG这三种中的纯合子分不开，AA是0，CC就只能是2了，CC是2又跟GG一样了。谢谢指导！

进行式 发表于 2014-5-4 10:08
谢谢大神！很给力啊，一下就出来了。但是还有个问题，因为AA与CC要替换的值也不同啊，该怎么修改呢？因为 ...

我不懂DNA，所以没看懂。但是不管怎么说，用类似

x[x %in% c("AG")] <- 1

这样的语句来改就行了。

qoiqpwqr 发表于 2014-5-4 12:11
我不懂DNA，所以没看懂。但是不管怎么说，用类似

x[x %in% c("AG")]

恩，好的，我自己再摸索下。还有个小问题想向您请教，在R中如何根据观测值保留变量呢？就是几列变量中都含某一特定的观测值，如何将含改观测值的变量提取出来放在一个新的数据集里呢？谢谢！

进行式 发表于 2014-5-4 15:14
恩，好的，我自己再摸索下。还有个小问题想向您请教，在R中如何根据观测值保留变量呢？就是几列变量中都含 ...

举个例子？

qoiqpwqr 发表于 2014-5-4 21:28
举个例子？

如图所示的数据，我想保留所有包含AG的列，数据共有2000多列。谢谢了！

qoiqpwqr 发表于 2014-5-4 12:11
我不懂DNA，所以没看懂。但是不管怎么说，用类似

x[x %in% c("AG")]

install.packages("stringr")
library(stringr)
sub("--","NA",original[1:2181])
fun2<-function(x){
  a<-substr(x[2],start=1,stop=1)
  for(i in 2:2181){
   
    x<-str_count(x,a)
  }
  return(x)                      #自编函数
}

my.2<-apply(gene,1,fun2)  
这个是我自己写的函数，但是不能处理含缺失值的数据？能帮我看下吗？谢谢了

进行式 发表于 2014-5-5 12:37
如图所示的数据，我想保留所有包含AG的列，数据共有2000多列。谢谢了！

1. x <- data.frame(v1 = c("AG", "AA", "GG"), v2 = c("CC", "CG", "GG"), v3 = c("GG", NA, "AA"), v4 = c(NA, "AG", "GG"))
   
2. x[, apply(x, 2, function(x) any(x == "AG", na.rm = TRUE))]

复制代码

也凑个热闹

1. data[,sort(unique(which(data=="AG",arr.ind=T)[,2]))]

复制代码