[Case Study] Cluster Analysis using Mahout

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转载：http://my.oschina.net/BreathL/blog/58104

Mahout是Apache的顶级开源项目，它由Lucene衍生而来，且基于Hadoop的，对处理大规模数据的机器学习的经典算法提供了高效的实现。其中，对经典的聚类算法即提供了单机实现，同时也提供了基于hadoop分布式的实现，都是非常好的学习资料。
聚类分析
     聚类（Clustering）可以简单的理解为将数据对象分为多个簇（Cluster），每个簇 里的所有数据对象具有一定的相似性，这样一个簇可以看多一个整体对待，以此可以提高计算质量或减少计算量。而数据对象间相似性的衡量有不少经典算法可以用，但它们所需的数据结构基本一致，那就是向量；常见的有 欧几里得距离算法、余弦距离算法、皮尔逊相关系数算法等，Mahout对此都提供了实现，并且你可以在实现自己的聚类时，通过接口切换不同的距离算法。
数据模型
     在Mahout的聚类分析的计算过程中，数据对象会转化成向量（Vector）参与运算，在Mahout中的接口是org.apache.mahout.math.Vector  它里面每个域用一个浮点数（double）表示，你可以通过继承Mahout里的基类如：AbstractVector来实现自己的向量模型，也可以直接使用一些它提供的已有实现如下：
    1. DenseVector，它的实现就是一个浮点数数组，对向量里所有域都进行存储，适合用于存储密集向量。
    2. RandomAccessSparseVector 基于浮点数的 HashMap 实现的，key 是整形 (int) 类型，value 是浮点数(double) 类型，它只存储向量中不为空的值，并提供随机访问。
    3. SequentialAccessVector 实现为整形 (int) 类型和浮点数 (double) 类型的并行数组，它也只存储向量中不 为空的值，但只提供顺序访问。
聚类算法K-means与Canopy
       首先介绍先K-means算法：所有做聚类分析的数据对象，会被描述成n为空间中的一个点，用向量（Vector）表示；算法开始会随机选择K个点，作为一个簇的中心，然后其余的点会根据它与每个簇心的距离，被分配到最近簇中去；接着以迭代的方式，先重新计算每个簇的中心（通过其包含的所有向量的平均值），计算完成后对所有点属于哪个簇进行重新划分；一直如此迭代直到过程收敛；可证明迭代次数是有限的。
       虽然K-means简单且高效，但它存在一定问题，首先K值（即簇的数量）是人为确定的，在对数据不了解的情况下，很难给出合理的K值；其次初始簇心的选择是随机的，若选择到了较孤立的点，会对聚类的效果产生非常大的影响。因此通常会用Canopy算法配合，进行初始化，确定簇数以及初始簇心。
       Canopy算法首先会要求输入两个阀值 T1和T2，T1>T2；算法有一个集群这里叫Canopy的集合（Set），当然一开始它是空的；然后会将读取到的第一个点作为集合中的一个Canopy，接着读取下一个点，若该点与集合中的每个Canopy计算距离，若这个距离小于T1，则这个点会分配给这个Canopy（一个点可以分配给多个Canopy），而当这个距离小于T2时这个点不能作为一个新的Canopy而放到集合中。也就是说当一个点只要与集合中任意一个Canopy的距离小于T2了，即表示它里那个Canopy太近不能作为新的Canopy。若都没有则生成一个新的Canopy放入集合中。以此循环，直到没有点了。
       所以这里用到的聚类分析算法的思路是：首先通过Canopy算法进行聚类，以确定簇数以及初始簇心的，接着通过K-means算法进行迭代运算，收敛出最后的聚类结果。接下来我们看看实现。
实战
       首先需要Java的环境不用多说，我这用的JDK1.6；同时还需要搭建Hadoop分布式系统，网上有很多帖子，这里也不细讲，我的版本是2.0.2。
       接着是安装Mahout，你可以通过svn获取 http://svn.apache.org/repos/asf/mahout/trunk 但需要有maven的支持，你也可以直接下载源码 http://www.apache.org/dyn/closer.cgi/mahout/ 。推荐使用svn的方式；我这里通过svn获取源码后，通过Maven进行编译，生成如下项目：

       简单说明下：  mahout-core：核心程序模块；mahout-math：在核心程序中使用的一些数据通用计算模块；mahout-utils：在核心程序中使用的一些通用的工具性模块；最后 mahout-examples 是Mahout提供的一些实现的例子，可作为使用Mahout进行编程的非常好的参考，我们的例子也从这里来。
      在 mahout-examples 中的 org.apache.mahout.clustering.syntheticcontrol.kmeans.Job类，对上述算法提供了较完整的实现，它是一个Hadoop的job，我们从源代码入手，看如何将实际的数据跑起来。下面是该类的核心逻辑代码：
public static void run(Configuration conf, Path input, Path output,
                       DistanceMeasure measure, double t1, double t2, double convergenceDelta,
                       int maxIterations)
        throws Exception{
  Path directoryContainingConvertedInput = new Path(output,
      DIRECTORY_CONTAINING_CONVERTED_INPUT);
  log.info("Preparing Input");
  InputDriver.runJob(input, directoryContainingConvertedInput,
      "org.apache.mahout.math.RandomAccessSparseVector");
  log.info("Running Canopy to get initial clusters");
  CanopyDriver.run(conf, directoryContainingConvertedInput, output, measure,
      t1, t2, false, false);
  log.info("Running KMeans");
  KMeansDriver.run(conf, directoryContainingConvertedInput, new Path(output,
      Cluster.INITIAL_CLUSTERS_DIR), output, measure, convergenceDelta,
      maxIterations, true, false);
  // run ClusterDumper
  ClusterDumper clusterDumper = new ClusterDumper(finalClusterPath(conf,
      output, maxIterations), new Path(output, "clusteredPoints"));
  clusterDumper.printClusters(null);
}
复制代码



[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       这个例子中调用了3个Map/Reduce 任务以及一个转换，它们如下：
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       1. 第8行： InputDriver.runJob ( ) ，它用于将原始数据文件转换成 Mahout进行计算所需格式的文件 SequenceFile，它是Hadoop API提供的一种二进制文件支持。这种二进制文件直接将<key, value>对序列化到文件中。
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       2. 第11行：CanopyDriver.run( ) ， 即用Canopy算法确定初始簇的个数和簇的中心。
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       3.  第14行：KMeansDriver.run( ) ， 这显然是K-means算法进行聚类。
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       4. 第18~20行，ClusterDumper类将聚类的结果装换并写出来，若你了解了源代码，你也可以自己实现这个类的功能，因为聚类后的数据存储格式，往往跟自身业务有关。

[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]         这里细讲下第一个Map/Reduce： InputDriver.runJob ( )因为我们需要了解，初始数据的格式，其他的任务CanopyDriver.run( )和KMeansDriver.run( )任务就不细讲了，主要就是Canopy和K-means算法，原理已经介绍了，实现也不难，需要你了解hadoop编程。
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]      InputDriver.runJob( )实现也非常简单，它只有Map，其代码如下：
@Override
protected void map(LongWritable key, Text values, Context context) throws IOException, InterruptedException {

  String[] numbers = SPACE.split(values.toString());
  // sometimes there are multiple separator spaces
  Collection<Double> doubles = Lists.newArrayList();
  for (String value : numbers) {
    if (!value.isEmpty()) {
      doubles.add(Double.valueOf(value));
    }
  }
  // ignore empty lines in data file
  if (!doubles.isEmpty()) {
    try {
      Vector result = (Vector) constructor.newInstance(doubles.size());
      int index = 0;
      for (Double d : doubles) {
        result.set(index++, d);
      }
      VectorWritable vectorWritable = new VectorWritable(result);
      context.write(new Text(String.valueOf(index)), vectorWritable);

    } catch (InstantiationException e) {
      throw new IllegalStateException(e);
    } catch (IllegalAccessException e) {
      throw new IllegalStateException(e);
    } catch (InvocationTargetException e) {
      throw new IllegalStateException(e);
    }
  }
}
复制代码


[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]      由代码可以看出，它将你初始数据文件的每一行用空格切开成个 String[] numbers ，然后再将 numbers中的每个String转换成Double类型，并以此生成一个向量 Vector ，然后通过 SequenceFileOutputFormat的方式输出成SequenceFile，以作下一步计算的输入。由此我们可以了解到我们的初始数据的格式需要 以一行为一个单位，用空格分隔，每一列为一个Double数即可（当然你也可以反过来修改例子中的实现）。
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       如此准备好初始数据后，我们将mahout-examples 编译并打成jar ，若你有用maven的话，它会自动帮你加载其所依赖的jar，若没用，请确保不少jar，然后将该jar包放到搭建了hadoop环境的服务器上（Linux操作系统），我没改名字，jar包叫mahout-examples-0.7-SNAPSHOT-job.jar。
[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]      好了，一切准备就绪，我们可以在服务器上运行如下命令，来运行聚类任务：
hadoop jar ../mahout-examples-0.7-SNAPSHOT-job.jar org.apache.mahout.clustering.syntheticcontrol.kmeans.Job
    -i <数据输入路径> \
    -o <数据输出路径> \
    -k <K值> \
    -cl <是否先使用Canopy 算法初始化 true or false>
    -t1 <Canopy中的T1值>
    -t2 <Canopy中的T2值>
    -xm <执行方式: sequential（单机运行） or mapreduce（分布式）>
复制代码


[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       在运行完成之后，数据由于是SequenceFile存储还无法查看，需要使用 Mahout 的 ClusterDump 程序转储聚类质心（和相关的点）。最终结果将存储在 kmeans 目录下名称以 clusters- 开头、以 -final 结尾的子目录中。具体的值将取决于运行任务使用了多少次迭代，例如 clusters-2-final 是第三次迭代的输出结果。可执行下面命令进行转换。
hadoop jar /soft/mahout/mahout/examples/target/mahout-examples-0.7-SNAPSHOT-job.jar org.apache.mahout.utils.clustering.ClusterDumper -i ..(上一步的输出路径)/clusters-2-final/ --pointsDir ..(上一步输出路径)/clusteredPoints  -o <要保持的文件名>
复制代码

[backcolor=rgb(248, 248, 248) !important]       最后你就可以在你指定的文件中查看聚类分析结果了。

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