两个变量间各水平无法完全交叉该如何处理

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要做一个within-subject的双变量研究，其中一个变量有6个水平，另一个有7个水平，但发现为了控制其他变量，无法完全实现6*7的条件，而只能实现其中的30种（并非6*5或5*6，而是比较复杂的交叉关系）

目前看下来大概能做一个3*5和另一个3*3的repeated-measure anova，但不太确定这样是否合适，两个结果一致的话自然最好，不一致是否能说是由于变量水平本身的差异导致而非实验设计的问题？


当然最好是有用于处理这种情况的专门的统计方法，求指教！

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关键词：Repeated Measure Subject within repeat 如何