2011年8月,发生台大医院误植艾滋病患器官案,因为身为创伤部主任,也是器官移植作业流程的制定者,柯文哲自请处份,以避免实际执行移植的年轻医生受到重罚。隔年八月遭监察院弹劾,医界人士发起连署,对监察院表示不满。
2012年,柯文哲加入前“总统”陈水扁医疗团队。接受访问时,多次主张应让陈水扁保外就医,但未得到法务部同意。
2013年6月,其学生曾御慈女医师遭一男子酒后驾车撞击,送至亚东医院,柯文哲亲至医院指挥急救,但最终仍不治。
2013年7月,陆军下士洪仲丘被虐死事件爆发,家属央托高大成法医协助调查,高法医将资料转交柯文哲研究,柯文哲发现“确实有些数据怪怪的。”
8月18日,公务员惩戒委员会,因艾滋器官移植案,认为柯文哲有疏失,决议将柯文哲降两级。8月20日,其妻陈佩琪召开记者会,对此决议表示不满,认为公惩会是用出事之后才改的器官劝募流程,来认定柯文哲有疏失,台大医院也未对外说明真相。
2013/9/27
柯文哲特别前往市议会拜会,表示:有意愿投入台北市长选战。台大医师柯文哲:“我有意愿出来选,整个台湾社会更好。”
2014年11月29日,以58.2%的得票率击败连胜文,赢得台北市长选举,当选下一届台北市长。