R聚类图

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这种聚类图 怎么用R做出来呢？？？

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关键词：聚类图

首先, 我不知道你这个是否有现成的包.如果假设没有现成包的话，就得自己画了。首先你得要分别会画circos图,然后也会画聚类的图.
以下是我的预计：
先聚类， 你这应该是层次聚类
r的hclust里面有merge, height, order， 这几个属性
利用order排好序
计算需要的角度
利用circos的半径和merge里面的信息height给出的高度计算出中间各条线的长度（转换成基于圆心的半径唱），合并后的角度和长度，这样，根据半径长和角度计算出横纵坐标。
就可以画出来了。
我个人画过circos和聚类的图， 但是没有画过结合在一起的。所以这其中有不足还请包涵。
其次， 给予一些相关材料：
层次聚类的图你只需要搞懂r中hclust给出的结果就可以画了merge：matrix， 2列， 第i行的1、2列代表第i步合并的主体（正数k代表是第k步合并的结果， 负数j代表是你元数据中第-j个样本）
height：高度， 类似于每个note（交叉点）离最底层的长度
order：基于层次聚类后画聚类图时候样本的顺序

circos的话最基本每个circle的画法在这个pdf中
OmicCircos_basic.pdf (3.58 MB, 需要: 2 个论坛币)

2015-3-6 16:15:18 上传

circle的画法
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好像不用那么复杂

1. library(ape)
   
2. hc = hclust(dist(mtcars))
   
3. plot(as.phylo(hc), type = "fan")

复制代码

呵呵，一直不知道上传错了图片如何删除，感觉怎么删除，都删不掉！！！

学习学习。。拓宽视野了。。。

推荐 Analysis of Phylogenetics and Evolution with R 这本书，以及ade4这个package