R绘制基因突变circos图的方法

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Circos图，又称Chord Diagram，中文名“和弦图”，在基因突变的高大上文章中非常常见，主要用于快速查看个体基因突变位点的主要染色体分布区，以及不同染色体突变频率的分布情况。偶然间看到R绘制该图的方法，学习了一下，跟大家分享一下。

如下表是经过整理过的一个样板数据：

ID	Chr.1	Chr.2	Chr.3	Chr.4
1	105	450	92	96
2	20	46	78	33
3	118	553	94	317
4	100	18	108	104

简单解释即是：个体1在1号染色体上有105个突变位点，2号染色体上有450个突变位点，3号93个突变位点……

这张表如果用Circos图来表示如下：

真正的测序数据远比示例中的表格复杂很多，通常原始数据很可能是下面这样的矩阵形式：

不管你信不信，对于生物信息学的人来说，Circos图远比那张乏味的表以及上面这张毫无特色的矩阵图好看很多。

具体编码如下：

1. library(statnet)
   
2. library(circlize)
   
3. 
   
4. my.data <- matrix(
   
5.   c( 105, 20, 118, 100,
   
6.      450, 46, 553, 18,
   
7.      92, 78, 94, 108,
   
8.      96, 33, 317, 104),4,4
   
9. )
   
10. 
    
11. rownames(my.data) <- c("ID.1", "ID.2", "ID.3", "ID.4")
    
12. colnames(my.data) <- c("Chr.1", "Chr.2", "Chr.3", "Chr.4")
    
13. 
    
14. grid.col = NULL
    
15. grid.col[c("ID.1", "ID.2", "ID.3", "ID.4")] = c("red", "yellow","green", "blue")
    
16. grid.col[c("Chr.1", "Chr.2", "Chr.3", "Chr.4")] = "grey"
    
17. 
    
18. circos.par(gap.degree = c(rep(2, nrow(my.data)-1), 10, rep(2, ncol(my.data)-1), 10),
    
19.            start.degree = 180)
    
20. chordDiagram(my.data,
    
21.              directional = TRUE,
    
22.              diffHeight = 0.06,
    
23.              grid.col = grid.col,
    
24.              transparency = 0.5)
    
25. circos.clear()

复制代码

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分享0 收藏8 回帖

关键词：CIRC 基因突变 cos CIR circlize 基因突变

给楼主点赞！！！

代码怎么看不到？

thank you very much

能不能给个标注啊，有的函数还是不懂什么意思呢！

挺厉害的

你好，当我数据增多的时候，图形看上去分不清楚，有什么办法解决吗

moonstone 发表于 2016-1-19 22:28
Circos图，又称Chord Diagram，中文名“和弦图”，在基因突变的高大上文章中非常常见，主要用于快速查看个体 ...

看不到代码

云中月魂 发表于 2018-7-24 15:22
看不到代码

你是不是用手机版看的，换成电脑登陆网页版就能看见了