R语言 差异表达分析 线性模型拟合总是出错，应该怎么修改？

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library(Biobase)
library(BiocGenerics)
library(affy)
library(limma)

filename = list.files("CCLEpaxOVrna")
dir = paste("./CCLEpaxOVrna/",filename,sep="")
n = length(dir)
data = ReadAffy(filenames=filename[1] )
for (i in 2:n){ new.data = ReadAffy(filenames = filename[i])
data = merge(data,new.data)}
aaa<-rma(data)
aa2<-exprs(aaa)

control<-aa2[,c(2,3,4,7,10,12,17,19,21,26)]
LPS<-aa2[,-c(2,3,4,7,10,12,17,19,21,26)]
length(colnames(control))
length(colnames(LPS))
design <- model.matrix(~ -1+factor(c(1,1,1, 2,2,2)))
colnames(design) <- c("control", "LPS")
fit <- lmFit(aa2, design)
contrast.matrix <- makeContrasts(control-LPS, levels=design)
fit <- eBayes(fit)
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)
results<-decideTests(fit2, method="global", adjust.method="BH", p.value=0.01, lfc=1.5)
summary(results)

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关键词：模型拟合 线性模型 怎么修改 R语言 filename 模型

这个我没有做过，不知道您的问题在哪，请见谅。

这个是运行结果，不知道应该怎么修改

jiangbeilu 发表于 2016-3-31 11:26
这个我没有做过，不知道您的问题在哪，请见谅。

好吧。

jiangbeilu 发表于 2016-3-31 11:26
这个我没有做过，不知道您的问题在哪，请见谅。

好吧。

这个可以发在论坛首页的爱问频道，那里每天有专人解答，可能在BBS里面，有些答疑老师没有看到

FLOWER370 发表于 2016-3-31 11:28
这个是运行结果，不知道应该怎么修改

错误显示你的aa2和design肯定有点问题。

jiangbeilu 发表于 2016-3-31 15:34
错误显示你的aa2和design肯定有点问题。

是design有问题。我有27个cel文件。10个是耐药的数据，17个是不耐药的数据。那这样的话，构建设计矩阵应该怎么构建呀？