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2009年科学基金的工作重点是统筹安排资助计划，提高科学基金资助效益。据悉，2009年国家财政预算投入科学基金约64亿元，根据国家财政预算制度改革和基础研究发展需要，拟安排年度资助计划70亿元左右。资助工作将突出以下几点：一、促进学科均衡协调可持续发展，稳步提高面上项目资助强度，围绕优先领域加强重点项目资助工作。二、加强关系国计民生的重点领域战略部署，及时加大对农业、生命健康、新能源、新材料、信息科学和公共安全等方面科学研究的支持力度。三、强化重大项目、重大研究计划的顶层设计，积极发挥战略导向作用，为国家经济发展方式转变和产业结构调整提供知识储备和科技支撑。四、完善联合资助机制，充分发挥科学基金的战略引导作用，推进实施大科学装置联合基金等工作。五、加强创新人才资助工作，继续扩大青年科学基金资助规模，加大地区科学基金资助力度，充分发挥国家杰出青年科学基金培养高层次科技人才的示范作用，稳定支持创新研究群体，培育创新团队。六、大力开展国际合作，进一步提升战略型合作水平；实施外国青年学者研究基金，架设中外青年友谊与合作的桥梁；继续推进与美、日、韩、德、英、法、俄以及欧盟等的实质性合作，探索、拓展和深化与其他国家科学基金组织和国际组织的合作关系。
同时，科学基金还将启动“十二五”战略研究，科学筹划未来发展；加强资助成果与绩效管理，探索绩效评估工作；推进规章制度建设，不断提高资助管理水平；加强和改进审计监督工作，推动科学道德建设；加强机关建设和队伍建设，提高服务效能等各方面的工作。
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