R语言如何处理探针折叠问题

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大家好，我最近在用Affymetrix芯片数据做实验，我拿到的数据是33个样本，54675行（探针），但是匹配基因名后，发现不重复基因只有22486个，将近一半，所以需要将对应一个基因的多个探针的表达值取平均，也就是需要在做差异基因筛选前就做，那么问题出现了，如果对预处理后的数据eset直接先匹配基因名，然后依据基因名做探针匹配得到矩阵X，那后面用limma包做差异筛选时，它第一步要求线性拟合fit <- lmFit(object, design) ,此处的object就不是eset而是X，但X不符合这一步要求的数据格式，所以问问大家有没有知道如何解决这个探针折叠问题的？

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关键词：R语言 metrix IMM fit Lim affy芯片探针折叠