跪求赐教！关于winbugs

我试试，另外beg究竟该取多少合适，比如iteration是10000次，从history上也看不出从哪里开始burn-in，是不是beg取1000或2000，这个对最后计算rd的后验信息有无实质影响呢？

如果你在winbugs是如此设置
1.sample monitor tool
  beg:1001  (就是 burn in)
2.update tool
  updates:11000

按"stats" button输出的结果与
底下的R code是相同的. start 1001,  sample 10000

modelUpdate(1000)         # burn in
modelUpdate(10000)       # 10000 more iterations ...
samplesStats("*")            # the summarized results

> samplesStats("*")       # the summarized results
         mean       sd  MC_error  val2.5pc   median val97.5pc start sample
p[1] 0.253600 0.004377 4.425e-05  0.245100 0.253600   0.26230  1001  10000

若模型简单,要估的参数少,burn in设1000,2000就够了.
详细可参阅 manual14.pdf page-53 Checking convergence
Getting started in OpenBUGS WinBUGS.pdf (923.72 KB)

2010-3-3 08:40:17 上传

也可以由winbugs直接输出文件,
供"CODA"继续分析HPDinterval.
这里我以 p node说明:
sample monitor tool 按"coda"button
会跳出两个窗口:(1)CODA index (2)CODA for chain 1
请分别存成pCODAindex.txt, pCODAchain1.txt
放在R可读到的working directory.
若不确定R目前的working directory
可键入getwd()
知道R目前的working directory后,
将pCODAindex.txt, pCODAchain1.txt放入.

执行下列程序:
library(coda)
## Get the coda chains from WinBUGS output
coda.out1 <- read.coda("pCODAchain1.txt", "pCODAindex.txt")
HPDinterval(coda.out1,prob=0.95)

另补充:
有了这些数据,HPDinterval也可自行算出:
library(coda)
coda.out1 <- read.coda("pCODAchain1.txt", "pCODAindex.txt")
M = 10000
prob = 0.95
chain1 = matrix(scan("pCODAchain1.txt"),4*M,2,byrow=T)
chain1 = matrix(chain1[,2],M,4)
chain1=apply(chain1,2,sort)
nsamp <- nrow(chain1)
npar <- ncol(chain1 )
gap <- max(1, min(nsamp - 1, round(nsamp * prob)))
init <- 1:(nsamp - gap)
inds <- apply(chain1[init + gap, ,drop=FALSE] - chain1[init, ,drop=FALSE],

2, which.min)
ans <- cbind(chain1[cbind(inds, 1:npar)],

chain1 [cbind(inds + gap, 1:npar)])
dimnames(ans) <- list(colnames(ans), c("lower", "upper"))
attr(ans, "Probability") <- gap/nsamp
ans
> ans

      lower upper
[1,] 0.2450 0.2620
[2,] 0.2436 0.2609
[3,] 0.2403 0.2573
[4,] 0.2368 0.2537
attr(,"Probability")
[1] 0.95

够义气，谢谢！研究中

哦  天啦！

8# epoh
你好，我也是十分想求教winbugS这个软件的使用放个，我在做毕业论文，能告诉我你的qq号吗？感谢啊~~~~~~~···

我收藏了，努力学习啊！！