批量计算T检验的p值

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背景：
一个生物的数据
行：各个基因
第一列和第二列：对照组（两个重复）
第三列到第五列：处理组（三个重复）
用来计算各个基因的p值，我写了一个循环，但是算出来的结果p值是完全一致的

定义数据为dat
for (i in 1:nrow(dat)){
  if(sd(dat[i,1:2]) == 0 & sd(dat[i,3:5]) == 0){
    pvals <- "NA"  ##p值为NA
    }
  else{
    t_test = t.test(as.numeric(dat[i,1:2]), as.numeric(dat[i,3:5]))
    pvals <- t_test$p.value
  }
}


但是，单独运行t.test(as.numeric(dat[i,1:2]), as.numeric(dat[i,3:5]))代码，就能计算出不同的p值

我是哪里写错了啊

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关键词：t检验 vals For PVA 对照组

有没有哪位大神知道代码哪里写错了啊

大肚子鳄鱼 发表于 2019-9-27 20:45
背景：
一个生物的数据
行：各个基因

for (i in 1:nrow(dat)){<br>
  if(sd(dat[i,1:2]) == 0 &amp; sd(dat[i,3:5]) == 0){<br>
    pvals &lt;- \"NA\"  ##p值为NA<br>
    }<br>
  else{<br>
    t_test = t.test(as.numeric(dat[i,1:2]), as.numeric(dat[i,3:5]))<br>
    pvals &lt;- t_test$p.value<br>
    print(pvals)<br>
  }<br>
}<br>
你最后一行的变量在循环中重复赋值，在循环的最后加一个print看看打印出来的结果是否都一样(试试上面的代码)。

大肚子鳄鱼 发表于 2019-9-27 20:45
背景：
一个生物的数据
行：各个基因

楼主要不上传一下报错的截图？感觉是判断条件的问题，且应该改成或。还有就是。。。加起来只有五个观测的数据，能用t检验吗？是不是应该改用秩和检验。。（虽然感觉怎么做检验都不对，样本量实在太少了。。

dbcoffee 发表于 2019-9-29 21:35
for (i in 1:nrow(dat)){
  if(sd(dat) == 0 &amp; sd(dat) == 0){
    pvals &lt;- \"NA\"  ##p值为NA

感谢大神~~~~~~

熬夜头会秃 发表于 2019-10-1 04:22
楼主要不上传一下报错的截图？感觉是判断条件的问题，且应该改成或。还有就是。。。加起来只有五个观测的 ...

没有报错，就是算出来的值全都是一样的，尴尬~~~
看来是赋值的问题

这么麻烦，使用apply，一行代码搞定
pvalue=apply(dat,1,function(x) t.test(x[1:2],x[3:5],paired = F)$p.value)

改成如下这样就行了，主要改动思路就是先给pvals赋一个空值，然后最后pvals做成一个不断添加p值的向量，这样就会有每一次的p值显示了
———————————————————分割线————————————————————



pvals <- NULL  ##给pvals赋一个空值
for (i in 1:nrow(dat)){
  if(sd(dat[i,1:2]) == 0 & sd(dat[i,3:5]) == 0){
    pvals <- "NA"  ##p值为NA
    }
  else{
    t_test = t.test(as.numeric(dat[i,1:2]), as.numeric(dat[i,3:5]))
    pvals <-c(pvals, t_test$p.value) ##将每一次循环所得p值往pvals这个向量里填充
  }  
}
pvals ##显示p值的向量